一種系統(tǒng)生物學(xué)建模語言的研制.pdf

1、分子生物學(xué)領(lǐng)域的進步,基因組及相關(guān)計劃的進展,使得系統(tǒng)生物學(xué)逐漸成為生命科學(xué)研究中的熱點.為了從系統(tǒng)層次理解生命過程,我們必須研究從細胞到有機體各個層次的結(jié)構(gòu)、功能及其相關(guān)的動力學(xué)特性.目前系統(tǒng)生物學(xué)研究多采用實驗和仿真交替實施互為驗證的方式.改變系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和參數(shù)來分析系統(tǒng)的動力學(xué)特性,難以通過實際的生物實驗完成.因此,建立生物系統(tǒng)模型,通過仿真獲得對生物系統(tǒng)的理解,預(yù)測生物系統(tǒng)行為,成為目前系統(tǒng)生物學(xué)研究引人關(guān)注的內(nèi)容之一.本文設(shè)計了一

2、種應(yīng)用于系統(tǒng)生物學(xué)的編程語言——B語言,并開發(fā)了B語言的解釋器及仿真環(huán)境.B語言的建模語法根據(jù)系統(tǒng)生物學(xué)標(biāo)記語言設(shè)計,符合當(dāng)前通行標(biāo)準(zhǔn),并且B語言具有交互性解釋型編程語言的特征,配合構(gòu)建的仿真環(huán)境,就能方便的對模型進行仿真和計算.文中還分別用Matlab和B語言對一個典型的最小鈣振蕩模型進行仿真,通過比較仿真方式和結(jié)果,證實B語言在保證結(jié)果準(zhǔn)確無誤的前提下大大提高了系統(tǒng)生物學(xué)研究者的工作效率.在系統(tǒng)的設(shè)計過程中,我們采用了面向?qū)ο蟮某绦?/p>