機(jī)器學(xué)習(xí)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測中的應(yīng)用研究.pdf

1、華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文機(jī)器學(xué)習(xí)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測中的應(yīng)用研究姓名：王燕申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：系統(tǒng)分析與集成指導(dǎo)教師：許進(jìn)20061113III酸出現(xiàn)的頻率，這有助于π轉(zhuǎn)角的設(shè)計。（4）綜合使用支持向量機(jī)和PSSMs來預(yù)測蛋白質(zhì)與RNA相互作用位點。我們考慮了兩種情況，僅僅知道與RNA相互作用的蛋白質(zhì)的序列信息和已知與RNA相互作用的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息。當(dāng)僅已知序列信息時，最好的預(yù)測性能是使用PSSMs和預(yù)測的二級結(jié)構(gòu)作為輸入信息時

2、得到的，MCC值是0.432，是目前從序列出發(fā)預(yù)測蛋白質(zhì)與RNA相互作用位點最好的預(yù)測性能。進(jìn)化信息對預(yù)測性能的提升起至關(guān)重要的作用。當(dāng)已知與RNA相互作用的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息時，預(yù)測性能進(jìn)一步提升。（5）使用了簡單的信息離散性度量方法來區(qū)分β桶形膜蛋白和球形蛋白。當(dāng)l=2時，經(jīng)過10折交叉驗證，識別β桶形膜蛋白正確率是91％，識別球形蛋白的正確率是86％。它還能正確識別跨膜α螺旋蛋白，識別正確率為89％。此外，我們還用簡并的氨基酸字符集