利用少量核苷酸片斷識別細菌群落中的細菌.pdf

1、本文我們利用數(shù)學模型研究了細菌的分類和識別。其工作主要是對上海交通大學生物系趙立平教授的環(huán)境基因組學研究小組提出的從基因短片斷判斷微生物群落中的細菌種群的構成情況進行研究。在本文中，我們利用K=2和K=3的短串的相對冗余度來反映DNA序列的物種特異性。進一步地，利用這一方法我們分析了現(xiàn)有已經(jīng)測序的全部真細菌和古細菌的完全基因組，以其建立參考數(shù)據(jù)庫。在此基礎上，對從細菌群落中提取的DNA序列片斷，提出了一種分析和識別它們的起源的方法。

2、 本文的另一個工作的目標是細菌基因組中的重復序列，特別是某些科、屬的細菌從環(huán)境中攝取同類DNA片斷時所依據(jù)的信號序列。利用生物信息學的方法，我們分析了Neisseria屬的4個細菌基因組和Pasteurellaceae科的5個細菌基因組中DUSS(DNAuptakesignalsequences)出現(xiàn)的分布狀況，并由此給出了一種關于DUSS進化的機制的看法。 本文的工作主要包括下面幾個方面：1.利用雙核苷酸和三核苷酸的相對冗

3、余率，計算了現(xiàn)有的152個已經(jīng)測序的微生物的164個基因組序列的某種profile，并分析它們的差異。 2.對每一個微生物的完全基因組序列，通過分析了它們每一個長500bp的子串的2-profile和3-profile的變化來分析這些基因組序列的組份和組成偏好的變化。3.定義了短序列和完全基因組之間的距離，利用這個定義，利用短序列和完全基因組之間的距離提出了一種分析和識別從細菌群落中提取的DNA序列片斷的起源的方法。 4