Tom20識別線粒體前導肽序列機制的分子模擬研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、多肽與蛋白質的對接研究具有重要的理論價值和實用價值。多肽分子因其易合成、生理活性強及免疫原性低等特性越來越受到藥物開發(fā)者的青睞。然而由于多肽分子大小一般介于蛋白質和小分子之間，對其柔性設置更難把握，因此多肽的分子對接模擬相比蛋白質-蛋白質對接以及蛋白質-小分子對接更困難。
　　 Tom20是線粒體外膜上可以識別線粒體前導肽的重要受體，本文采用一套基于已知生化知識的蛋白質-多肽對接方案對 Tom20與兩種線粒體前導肽的識別進行了研

2、究。首先利用Haddock軟件獲得了 Tom20胞外區(qū)域的自由態(tài)結構。同時我們使用軟件 SPDBV對從 UniProtKB檢索得到的兩種線粒體前導肽Q5RDG3(1-15)和 Q8K411(1-15)進行了標準α構象建模。而后利用“兩次對接”策略在對接模擬過程中引入了對前導肽初始構象的優(yōu)化處理和柔性處理。
　　 通過對對接結果進行分析我們發(fā)現(xiàn)這兩種線粒體前導肽均能結合在 Tom20的α1～α3螺旋所形成的淺槽中，并且Tom20的

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