陸地棉產(chǎn)量、纖維品質(zhì)等性狀與SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、作為世界上最重要的天然纖維作物，棉花為我國紡織產(chǎn)業(yè)的發(fā)展作出了重大貢獻(xiàn)。當(dāng)前，提高產(chǎn)量、改善纖維品質(zhì)是棉花育種工作的重要目標(biāo)。在充分了解陸地棉品種（系）的遺傳多樣性的基礎(chǔ)上，篩選到與產(chǎn)量、纖維品質(zhì)等性狀相關(guān)聯(lián)的標(biāo)記位點(diǎn)，對(duì)拓寬棉花育種的遺傳基礎(chǔ)以及提高棉花育種效率具有重要意義。
　　 1.本研究利用均勻分布于26條染色體上的125對(duì)SSR標(biāo)記對(duì)126份陸地棉品種（系）進(jìn)行遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)和連鎖不平衡(LD)分析;并進(jìn)行了產(chǎn)量

2、和纖維品質(zhì)等性狀與SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析，發(fā)掘出一批優(yōu)異的等位變異位點(diǎn)。獲得主要結(jié)果如下:(1)遺傳多樣性分析檢測(cè)到125個(gè)位點(diǎn)，共有423個(gè)等位變異，平均每個(gè)標(biāo)記為3.38個(gè)，基因多樣性含量(GDC)平均值為0.49，多態(tài)性信息含量(PIC)平均值為0.41，說明供試材料遺傳多樣性比較豐富。
　　 (2)使用Structure軟件推算126份陸地棉材料結(jié)構(gòu)，確定存在2個(gè)類群，且品種（系）的分類具有地域性。與采用Nei氏距離聚類的

3、結(jié)果比較具有較高的一致性。
　　 (3)使用TASSEL軟件進(jìn)行連鎖不平衡分析表明，D’＞0.5的位點(diǎn)組合占11.95％，支持的不平衡成對(duì)位點(diǎn)(P＜0.01)組合占7.13％。表明，陸地棉SSR標(biāo)記位點(diǎn)間LD水平整體較低。但連鎖不平衡矩陣圖顯示陸地棉染色體上LD分布不均勻，在A13、D1和D8染色體上LD水平較高。
　　 (4)通過關(guān)聯(lián)分析，共檢測(cè)出55個(gè)標(biāo)記與14個(gè)性狀呈極顯著關(guān)聯(lián)，其中與單株鈴數(shù)、果枝數(shù)、株高、鈴重、

4、衣分、種仁蛋白含量、種仁脂肪含量、纖維長(zhǎng)度、纖維比強(qiáng)度、馬克隆值、短纖維含量、纖維整齊度、纖維伸長(zhǎng)率及纖維反射率呈極顯著相關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記分別有11、1、1、1、4、7、4、6、4、1、2、1、9和3個(gè)。研究結(jié)果為這些性狀的分子標(biāo)記輔助育種奠定了基礎(chǔ)。
　　 (5)通過關(guān)聯(lián)分析進(jìn)行了優(yōu)異等位變異的發(fā)掘，檢測(cè)到大量標(biāo)記位點(diǎn)與產(chǎn)量、品質(zhì)等性狀相關(guān)聯(lián)，發(fā)掘出了一批關(guān)聯(lián)優(yōu)異位點(diǎn)、等位變異及攜帶優(yōu)異等位變異的載體材料。為棉花育種中的親本選拔

5、、組合選配及后代等位變異輔助選擇提供了重要參考信息。
　　 2.利用CodonW軟件對(duì)棉花13個(gè)A、D基因組二倍體棉種和2個(gè)異源四倍體棉種的核基因組蛋白編碼序列進(jìn)行了同義密碼子偏愛性分析，主要結(jié)果如下:
　　 (1)不同棉種的密碼子堿基構(gòu)成相似，而且使用T結(jié)尾的頻率高于A，使用C結(jié)尾的頻率高于G，即密碼子第三位堿基上嘧啶出現(xiàn)頻率高于嘌呤。RSCU值分析表明不同棉種在密碼子選用上存在明顯的偏愛性，并且這種偏愛性在不同棉種間

6、存在較高的一致性;確定了在15個(gè)棉種中通用的20個(gè)高頻密碼子，并通過比較兩個(gè)高低密碼子偏性庫RSCU值，確定出15個(gè)棉種的15個(gè)最優(yōu)密碼子(Preferred codon)（△RSCU≥0.3）。
　　 (2) ENC-plot分析表明密碼子偏性用法主要由突變和選擇共同作用所致，其中選擇起主導(dǎo)作用。與前人研究比較發(fā)現(xiàn)，陸地棉核基因組與葉綠體基因組在涉及8種氨基酸的高頻密碼子上和最優(yōu)密碼子上存在較大差異。
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