基于禁忌搜索的雙向聚類問題研究.pdf

1、隨著生物信息學的快速發(fā)展，DNA基因表達芯片被研制出來，成為一種重要的基因表達分析工具。通過對基因表達數據矩陣分析可以解決一些生物學問題，獲取基因功能和基因調控信息,有助于研究人員了解基因組之間的相互關系，從而認識和醫(yī)治一些遺傳疾病。在雙向聚類算法提出以后，其在分析基因表達數據方面發(fā)揮著重要的作用。
　　本論文采用禁忌搜索算法來解決雙向聚類問題，提出了一種基于禁忌搜索的雙向聚類算法。該算法建立基于禁忌搜索的雙向聚類模型尋找雙向聚類

2、簇，采用禁忌思想，通過引入一個合適的存儲結構和對應的的禁忌準則來避免陷入局部搜索，從而獲得全局最優(yōu)。論文主要包括以下內容：
　　1、算法運用Cheng和Church提出的均方殘差值概念評判雙向聚類簇的質量，建立基于禁忌搜索的雙向聚類模型。通過雙向聚類模型尋找均方殘差值小，體積大的雙向聚類簇。
　　2、算法中采用一種自適應搜索策略，通過候選集和鄰域的互相配合，調整候選集中用于集中性搜索策略和多樣性搜索策略的元素個數，從而較好的

3、解決了禁忌搜索算法中集中性和多樣性二者之間平衡問題。
　　3、實現了基于禁忌搜索的雙向聚類算法，對算法的相關參數的設置進行了討論。使用基于禁忌搜索的雙向聚類算法對酵母菌基因表達譜數據集和淋巴瘤 B細胞表達譜數據集進行分析處理，尋找這兩個基因表達數據集中的雙向聚類簇。分析基于禁忌搜索的雙向聚類算法的實驗結果，并將實驗結果與其他雙向聚類算法進行對比。
　　將基于禁忌搜索的雙向聚類算法運用到基因表達數據上，能夠有效的找到高質量的雙