基于SVM的多病類診斷基因選擇方法研究.pdf

1、隨著生物技術(shù)的發(fā)展,DNA微陣列數(shù)據(jù)為基因診斷、基因治療等提供了前提和可能性.基因選擇是基因診斷的基礎(chǔ),如何在超高維小樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)中選擇那些與疾病相關(guān)、對(duì)疾病分類有用的診斷基因,保證基因診斷的有效性和可靠性,成為了一個(gè)具有挑戰(zhàn)性的課題.本文針對(duì)基于SVM的多病類診斷基因選擇方法進(jìn)行了研究.從對(duì)兩病類的基因分類貢獻(xiàn)表示的討論入手,提出了四種基于SVM的多病類基因選擇方法:(1)基于和貢獻(xiàn)的基因選擇方法,將基因分多個(gè)病類對(duì)的貢獻(xiàn)求和,

2、作為該基因分所有病類的總貢獻(xiàn),進(jìn)行基因選擇;(2)基于類模式的基因選擇方法,從類中心之間的分類間隔考慮基因分病類對(duì)的貢獻(xiàn);(3)基于相關(guān)性的貢獻(xiàn)空間方法;(4)基于相關(guān)性的和貢獻(xiàn)基因選擇方法.它們都是基于one-versus-one方式多類SVM分類方法進(jìn)行基因選擇的,其中,方法(1)(2)對(duì)所選基因相關(guān)性無(wú)約束,方法(3)(4)對(duì)所選基因Pearson線性相關(guān)性有約束.通過(guò)用真實(shí)的基因微陣列數(shù)據(jù)進(jìn)行大量實(shí)驗(yàn),本文在4種病類2308個(gè)基