花生QTLdatabase及可視化信息平臺(tái)的構(gòu)建.pdf

1、花生是全世界重要的油料作物和經(jīng)濟(jì)作物，其相關(guān)性狀的QTL(Quantitative TraitLocus，數(shù)量性狀位點(diǎn))定位受到育種家廣泛關(guān)注和重視，但是由于不同研究者之間獲得的QTL結(jié)果存在差異，導(dǎo)致挖掘一致性或真實(shí)性QTL困難，極大地影響了花生分子育種的進(jìn)程。因此，本研究通過(guò)花生QTL元分析，搭建花生QTLdatabase(QTLdb)及可視化信息平臺(tái)來(lái)公開(kāi)分享花生產(chǎn)量、品質(zhì)、抗逆性等重要性狀的QTL及其元分析結(jié)果，對(duì)開(kāi)展農(nóng)作物目標(biāo)

2、性狀遺傳改良具有重要實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。
　　本研究首先對(duì)Python語(yǔ)言和Django Web框架進(jìn)行介紹，并匯總?cè)澜缁ㄉ鶴TL、元分析、QTL數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)信息平臺(tái)和QTL可視化的發(fā)展現(xiàn)狀;其次闡述了研究?jī)?nèi)容及平臺(tái)的整體框架以及開(kāi)發(fā)本平臺(tái)所使用的技術(shù)和算法;然后對(duì)信息平臺(tái)進(jìn)行了詳細(xì)設(shè)計(jì)與解釋，并介紹了信息平臺(tái)的實(shí)現(xiàn)，列出了信息平臺(tái)的主要界面;最后對(duì)信息平臺(tái)進(jìn)行總結(jié)并歸納了不足之處，對(duì)平臺(tái)的發(fā)展趨勢(shì)進(jìn)行展望。主要研究結(jié)果如下:
　

3、　1.從全球各大文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)中收集來(lái)的510篇與花生遺傳圖譜和QTL相關(guān)的文獻(xiàn)，并對(duì)文獻(xiàn)進(jìn)行查閱整理，最終獲得自2009年以來(lái)31篇可用的發(fā)表文獻(xiàn)，得到41張圖譜和1150個(gè)QTLs，并進(jìn)行Meta分析處理，最終在20條染色體上共獲得238個(gè)花生相關(guān)的一致性QTLs(MetaQTL)。
　　2.根據(jù)對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)的需求分析，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的E-R模型和邏輯設(shè)計(jì)，從而利用花生QTL相關(guān)數(shù)據(jù)和Meta分析結(jié)果數(shù)據(jù)信息建立成數(shù)據(jù)庫(kù)。
　　3.

4、根據(jù)平臺(tái)的需要，建立了基于大量花生QTL及Meta分析研究數(shù)據(jù)的信息平臺(tái)，這個(gè)平臺(tái)不僅提供了花生數(shù)據(jù)庫(kù)展示查詢功能，并且給花生研究人員提供了一個(gè)可視化的觀察QTL和提交花生QTL數(shù)據(jù)信息的共享平臺(tái)。信息平臺(tái)給用戶提供了不同作圖群體的選擇，基于用戶對(duì)圖譜的選擇，將會(huì)在瀏覽器中顯示出圖譜數(shù)據(jù)信息或交互的顯示該作圖群體的染色體。平臺(tái)采用Python語(yǔ)言的Django Web框架進(jìn)行開(kāi)發(fā)，使用MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行后臺(tái)存儲(chǔ)，采用Linux實(shí)現(xiàn)平臺(tái)