華南地區(qū)荷斯坦奶牛DHI報告分析及與產奶性狀相關功能基因的挖掘.pdf

1、目前，奶牛選育種工作成為制約南方奶牛業(yè)發(fā)展的主要因素之一，其中DHI測定體系是世界上最為科學、有效的奶牛生產管理工具，成為奶牛選育種工作的重要參考依據。近年來，在我國南方地區(qū)，規(guī)模較大的奶牛公司已經開始實施DHI測定，積累了一定量的生產性能測定數(shù)據。本研究主要通過對 DHI數(shù)據分析，了解和評估 DHI體系在我國南方的運用效果，為南方地區(qū) DHI體系的應用和推廣提供科學的參考依據。同時為了加快南方奶牛遺傳育種進展，縮短育種周期，分子育種成

2、為最有效的方法之一，而與奶牛產奶性狀相關功能基因的挖掘和驗證是奶牛分子育種的重要前提和基礎。本研究利用質譜SNP分型技術對奶牛重要產奶性狀的候選變異位點進行檢測，并與之進行關聯(lián)分析，同時，對其進行功能驗證，以期挖掘到真正影響我國南方荷斯坦奶牛產奶性狀的候選基因及其功能變異位點，為奶牛分子標記輔助選擇提供依據。
　　本研究以廣東地區(qū)某大型奶牛公司2008年以來的DHI數(shù)據為研究對象，采用SAS9.2的GLM過程進行單因素方差分析，用

3、嚴格的Bonferroni多重比較方法進行顯著性檢驗，同時利用最小二乘模型對影響牛群生產性能的固定效應進行分析；采用單標記回歸分析方法對質譜分析的奶牛群體進行標記-性狀關聯(lián)分析，利用 R語言分析軟件進行關聯(lián)研究。主要結果如下：
　　1、產犢年份對產奶性能的影響達到極顯著水平。2009年至今，奶牛的產奶量呈穩(wěn)步上升趨勢，體細胞評分SCS呈逐年下降趨勢。平均產奶量由2009年的6936.57Kg（22.59kg/頭·日）增加到2014

4、年的8356.50Kg（30.51kg/頭·日），增幅高達35％，差異極顯著；乳脂率由3.3%上升到3.9%，脂蛋比由原來的1.00提高到1.25（正常水平范圍內），乳蛋白率無顯著提升。自參加DHI以來，奶牛生產性能有了顯著提升。
　　2、不同泌乳階段對奶牛產奶量、乳成分都具有顯著影響。第一泌乳期產奶量最高達30.17 kg/頭·日；第三泌乳期乳品質最高，分別為乳脂率（4.009%）、乳蛋白率（3.475%）和SCS（4.283）

5、。
　　3、產犢季節(jié)和胎次對產奶性能的影響均達到極顯著水平。一年當中冬季產犢對生產對為有利，夏季最為不利。夏季產奶量、乳脂率和乳蛋白率均低于其他季節(jié)，其中乳脂率為3.597%，乳蛋白率為3.190%；在體細胞評分方面，南方地區(qū)奶牛受熱應激的影響產奶量較低而體細胞評分相應較高，春、夏兩季最高，且和其它兩季節(jié)間差異極顯著。在胎次方面，奶牛產奶量在第三胎達到最高，為8581.33Kg；乳脂率第一胎最高（3.916%），乳蛋白率第二胎最高

6、（3.257%）；體細胞評分隨胎次增加有升高的趨勢。
　　4、對295頭荷斯坦奶牛樣本的90個與荷斯坦奶牛產奶性狀顯著相關的SNP位點進行基因分型，結果表明：分型的平均Call rate為98.39%，且分型成功的SNP中多態(tài)性比例98.82%，平均MAF為0.27。利用單標記回歸分析方法對五個產奶性狀進行標記-性狀關聯(lián)分析，結果有45個SNP顯著影響奶牛產奶性狀，其中17個SNP位于14號染色體上。深入分析表明，45個SNP位點

7、中影響多種產奶性狀的有23個，影響單一產奶性狀的SNP有22個。其中已報道的影響產奶量的主效基因DGAT，GHR，PPP1R16A，TRAPPC9等也被定位到。
　　5、通過對DGAT1，GHR，TRAPPC9和ATP1A1基因多態(tài)性進行群體驗證，結果表明，DGAT1基因rs109421300位點、TRAPPC9基因rs110017379位點、ATP1A1基因 rs110256520位點和GHR基因 rs61639260位點可以用