中國漢族人群轉(zhuǎn)化生長因子β1和β3基因多態(tài)性與高度近視的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、目的：研究中國漢族人群轉(zhuǎn)化生長因子B1和β3與高度近視關(guān)聯(lián)的位點，揭示與高度近視相關(guān)的發(fā)病環(huán)節(jié)． 材料和方法：本研究采取病例．對照關(guān)聯(lián)分析，隨機選取300名高度近視(要求近視度數(shù)≤-8.00D)，及300名無相關(guān)的對照樣本(要求雙眼屈光不正在+／-0.75D之聞)，提取全血DNA樣本．在HAPMAP數(shù)據(jù)庫中選取TGFβ1和TGFβ3的基因型數(shù)據(jù)，輸入Haploview4.0，設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)，選取標(biāo)簽SNP，在TGFβ1的數(shù)據(jù)中加入第一

2、外顯子第十編碼子上的多態(tài)性位點同時進行檢測。軟件分析后選定標(biāo)簽SNP進行基因型的檢測．在基因型檢測方法選擇上，以經(jīng)典的PCR-RFLP作為基礎(chǔ)方法，選擇位于內(nèi)切酶酶切位點的SNP進行RFLP以區(qū)分不同基因型．對于TGFβ1 rs1800469，rs1982073，rs4803455和rS12983047，我們選擇限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)測定病例一對照樣本中多態(tài)性位點的基因型；以引物延伸聯(lián)合變性高效液相色譜分析法測定rs10417

3、924和rS11466345病例一對照樣本中位點的基因型；選擇等位基因特異性實時熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)測定rs2241716和rs12981053的基因型．對于TGFβ3 rs3917158，rs4252328，rs2268626，rs2284791，rs3917192，rs3917205，選擇限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)測定病例一對照樣本中多態(tài)性位點的基因型；對于rs3917201，rs3917210則采用等位基因特異性實時熒光定量

4、聚合酶鏈反應(yīng)測定基因型。根據(jù)樣本所得各SNP基因型，計算其基因型與等位基因的頻率；采用卡方檢驗比較病例．對照組之間基因型與等位基因頻率分布的差異，采用HAPLOVIEW4.0進行標(biāo)簽SNP的連鎖不平衡分析及單體型分型與比較。 結(jié)果：第一部分：對于。rGFβl選取的八個標(biāo)簽SNP，rs10417924由于對照組樣本不符合Hardy-Weinberg平衡，樣本不具群體代表性而被排除統(tǒng)計．其余的七個SNP中，rs12981053，rS

5、11466345和rS2241716結(jié)果顯示病例．對照組之間基因型頻率與等位基因頻率的無顯著性差異，提示這三個位點與高度近視無明顯關(guān)聯(lián)；而rs1800469，rs1982073，rs2241716，rs4803455這四個多態(tài)位點均顯示出病例．對照組之間基因型頻率與等位基因頻率的顯著性差異，提示這四個SNP與高度近視具有顯著關(guān)聯(lián)．進一步進行這七個SNP的連鎖不平衡分析與單體型分析與比較，結(jié)果提示，rs4803455，rs2241716，

6、rs1800469，rs1982073之間具有強LD．單體型TCGG，CTAT病例．對照之間有顯著性差異．Wald檢驗結(jié)果顯示rs4803455可能是實際起作用的多態(tài)性位點． 第二部分：對于TGFp3，選定八個標(biāo)簽SNP進行基因型的檢測。結(jié)果顯示，rs3917210由于基因型結(jié)果變異大，可重復(fù)性差，且對照組樣本不符合Hardy-Weinberg平衡，樣本不具群體代表性而被排除統(tǒng)計．其余的7個標(biāo)簽SNP均符合Hardy-Weinb

7、erg平衡，樣本具群體代表性。在對單個位點的關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)，七個標(biāo)簽SNP中，除rs3917201外，其余六個位點的病例一對照組之間基因型頻率與等位基因頻率均無顯著性差異；提示這六個多態(tài)位點與高度近視無明顯關(guān)聯(lián)；而rs3917201病例一對照組之間基因型頻率與等位基因頻率均有顯著性差異(p＜0.05)，提示與高度近視可能存在關(guān)聯(lián)，但多重矯正分析排除了該位點的顯著性． 結(jié)論：采用候選基因策略，檢驗了高度近視候選基因TGFβ1和TGF