東太平洋公海莖柔魚種群遺傳結(jié)構(gòu)初步研究.pdf

1、莖柔魚(Dosidicus gigas)屬頭足綱、槍行目、柔魚科、柔魚亞科、莖柔魚屬。莖柔魚為大洋性淺海種,分布在中部太平洋以東的海域,即在125°W以東加利福尼亞半島(30°N)至智利(30°S)一帶水域,范圍甚廣。莖柔魚漁業(yè)是東太平洋重要的漁業(yè),主要漁場在南半球的秘魯外海和北半球的加利福尼亞灣。
　　本文根據(jù)2009年7月到10月我國大型魷釣漁船在東太平洋(81.9°~94.9°W,8.9°~7.7°N,10.2°~11.3°

2、S)秘魯和哥斯達黎加外海作業(yè)期間采集的樣本,利用線粒體 DNA細胞色素 b(Mitochondria cytochrome b,cytb)和細胞色素氧化酶Ⅰ(Cytochrome Oxidase subunitⅠ,COⅠ)兩個分子遺傳標(biāo)記,分析了采自秘魯7個采樣點和哥斯達黎加3個采樣點的約150個個體的序列多樣性與種群遺傳結(jié)構(gòu)。
　　采用酚氯仿法提取基因組 DNA,根據(jù) Genbank中莖柔魚 mtDNA全基因組序列設(shè)計兩對引物,

3、分別擴增 mtDNA cytb和COⅠ基因片段序列。擴增產(chǎn)物經(jīng)純化回收和T載體克隆,進行序列測定。用ClustalX1.83軟件對測序結(jié)果進行序列比對,運用MEGA軟件4.0版本統(tǒng)計每個序列片段的堿基組成和序列變異情況,并用鄰接法(neighbor-joining,NJ)根據(jù) kimura雙參數(shù)遺傳距離即 K2-P距離構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹進行聚類分析。種群遺傳多樣性的分析采用DnaSP5軟件,其中包括對單倍型多樣性(h)和核苷酸多樣性(p)兩

4、個遺傳參數(shù)的計算。
　　應(yīng)用DnaSP軟件進行中性測驗,主要是對 Tajima’s D,Fu’s Fs等參數(shù)進行分析,以此指示種群歷史的穩(wěn)定性或種群增長情況。應(yīng)用ARLEQUIN軟件分子變異分析法來分析種群間遺傳結(jié)構(gòu)狀況。FST值及其相應(yīng) p值(10,000次排列測驗)用于表明種群間的分化程度。
　　通過對155個莖柔魚個體的線粒體 DNA ctyb基因片段測序結(jié)果進行分析,獲得長度為724bp的基因片段,檢測出43個單倍型

5、和16個變異位點。序列多樣性分析結(jié)果揭示155個個體的平均單倍型多樣性指數(shù)為0.873,核苷酸多樣性指數(shù)為0.00369。群體間共享6個單倍型,秘魯外海莖柔魚群體享有最多特有單倍型(20個)。分子方差分析揭示,82.70％的遺傳變異性出現(xiàn)在種群內(nèi);群體間的FST分析揭示部分秘魯群體與哥斯達黎加群體,部分秘魯群體間存在著顯著的遺傳分化;而哥斯達黎加群體內(nèi)部不存在顯著的遺傳分化。
　　通過對147個莖柔魚個體的線粒體 DNA COⅠ基

6、因片段測序結(jié)果進行分析,獲得長度為768bp的基因片段,檢測出48個單倍型和60個變異位點。序列多樣性分析結(jié)果揭示147個個體的平均單倍型多樣性指數(shù)為0.7512,核苷酸多樣性指數(shù)為0.00246。群體間共享6個單倍型,秘魯外海莖柔魚群體享有最多特有單倍型(25個)。分子方差分析揭示,91.803%的遺傳變異性出現(xiàn)在種群內(nèi);而2.130%的遺傳變異性出現(xiàn)在地理群體間,2.126%的遺傳變異出現(xiàn)在地理群體內(nèi)的種群間。FST分析揭示 Per

7、u2、 Peru7和Costa3三個種群相互間遺傳分化極其顯著(P<0.01)。而哥斯達黎加群體中 Costa3分別與 Costa1、 Costa2存在著顯著的遺傳分化。
　　綜合線粒體 DNA cytb和COⅠ兩個基因片段作為標(biāo)記所得的結(jié)果表明:東太平洋莖柔魚具有較高的單倍型多樣性和核苷酸多樣性,遺傳多樣性水平較高,但沒有出現(xiàn)明顯的遺傳分化。采用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,各分支代表的單倍型不論在地理群體中還是地理群體中的種群間都是錯