牛Meg9基因的序列預(yù)測(cè)與分析、可變剪切體的表達(dá)及印記狀態(tài)研究.pdf

1、基因組印記是一種表觀遺傳現(xiàn)象，是指來自親本的等位基因在發(fā)育過程中產(chǎn)生專一性表觀遺傳修飾而使基因表達(dá)具有親本特異性。印記基因表達(dá)紊亂會(huì)導(dǎo)致哺乳動(dòng)物胚胎和胎盤的發(fā)育異常。通過包括體細(xì)胞核移以及體外受精等輔助繁殖技術(shù)得到的動(dòng)物中，存在著和印記基因異常表達(dá)的遺傳病人及印記基因定點(diǎn)敲除的小鼠中類似的表型異常。盡管牛是人們用輔助繁殖技術(shù)進(jìn)行生產(chǎn)的最普遍的物種之一，而且胚胎、胎盤發(fā)育異常在核移植以及體外受精牛中經(jīng)常發(fā)生，然而由于缺少印記基因序列以及多

2、態(tài)性信息，印記基因在牛中的研究卻還很少。
　　 Dlk1-Dio3印記區(qū)域由于在胚胎發(fā)育、細(xì)胞分化過程中的重要作用而備受關(guān)注。Meg9基因是位于該印記基因簇內(nèi)，在鼠中被鑒定的母系表達(dá)的非編碼RNA基因，在牛中，Meg9基因序列結(jié)構(gòu)以及印記狀態(tài)還沒有被研究。
　　 本研究首先利用生物信息學(xué)方法對(duì)牛Meg9基因進(jìn)行了預(yù)測(cè)和分析。應(yīng)用已知羊的Meg9基因在NCBI及UCSC數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索相似性較高的牛的EST序列，得到EST重疊

3、群，拼接結(jié)果發(fā)現(xiàn)，牛Meg9基因包括三種可變剪切形式，命名為Meg9-p1、Meg9-p2和Meg9-p3。其中Meg9-p1剪切體與羊的Meg9基因(GenBank:AF354168)高度相似，相似性為92％，與鼠(GenBank:EU616813)和人(GenBank:NR_047664)的相似性分別為46％和35％。將拼接序列與?；蚪M序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)牛Meg9基因DNA全長(zhǎng)約5 kb，cDNA包括3個(gè)外顯子。牛Meg9基因5'側(cè)翼區(qū)

4、未發(fā)現(xiàn)與Kozak規(guī)則相匹配的翻譯起始序列，推測(cè)該基因是一種非編碼的RNA基因，可能作為一種RNA分子調(diào)控靶基因的轉(zhuǎn)錄。
　　 根據(jù)預(yù)測(cè)的牛Meg9基因的cDNA序列設(shè)計(jì)特異性引物，得到Meg9基因3種可變剪切體(Meg9-c1、Meg9-c2和Meg9-c3)，RT-PCR方法分析3種可變剪切體在牛心、肝、脾、肺、腎、肌肉和脂肪7個(gè)組織中的表達(dá)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，Meg9-c1剪切體在牛的肝、脾、腎和肌肉中4個(gè)組織中表達(dá)，剪切體Meg

5、9-c2則在心、肝、脾、肺、腎和肌肉表達(dá)，而Meg9-c3僅在肝、腎和肌肉3個(gè)組織中表達(dá)。說明Meg9基因的可變剪切體在成年荷斯坦奶牛中的表達(dá)具有組織特異性，在肝、腎和肌肉中3個(gè)組織中的3種可變剪切體均有表達(dá)。
　　 印記基因是指二倍體基因組中表達(dá)有親本選擇性的一些基因，即只有來自父本或母本的等位基因表達(dá)。在進(jìn)行印記基因表達(dá)分析時(shí)通常用單核苷酸多態(tài)(singlenucleotide polymorphism，SNP)來區(qū)分親本的