藥學相關數(shù)據(jù)庫

1、第八章 藥學相關數(shù)據(jù)庫,第一節(jié) 網(wǎng)絡版美國化學文摘數(shù)據(jù)庫SciFinder Scholar,,一、概述SciFinder Scholar是美國《化學文摘》（Chemical Abstracts），簡稱CA 的網(wǎng)絡版產(chǎn)品，是世界最大的化學文摘庫。也是目前世界上應用最廣泛，最為重要的化學、化工及相關學科的檢索工具。,（一）收錄范圍與更新,收錄9000余種期刊文獻，以及來自47個國家和3個國際性專利組織的專利說明書、評論、技術報告、專題論

2、文、會議錄、討論會文集等，涉及世界200多個國家和地區(qū)60多種文字的文獻。收錄文獻量占全世界化工化學總文獻量的98％。網(wǎng)絡版SciFinder更使用戶可以查詢到當天的最新記錄,SciFinder可檢索數(shù)據(jù)庫： CAPLUSSM CA化學文摘索引，創(chuàng)建于1907年，收錄摘自世界各地9000多種有影響的期刊雜志文獻；每天更新3000多條數(shù)據(jù)。CAS REGISTRYSM 美國化學會登記號索引，創(chuàng)建于1957年，美國化學會（Chemi

3、cal Abstracts Socienty CAS）對每種化學物質進行唯一對應的注冊登記，給予編號。索引包含3000多萬個有機和無機物質，5800多萬生物序列。,CASREACT® 美國化學會化學反應索引，創(chuàng)建于1907年，收錄800多萬條反應記錄和403000多條文獻記錄。CHEMCATS® 商業(yè)化學物質記錄，來自655家供應商的793種目錄）CHMLIST® 收錄來自13個國家和國際性組織24萬種

4、管制品化合物的詳細清單。MEDLINE（National Library of Medicine美國國立醫(yī)學圖書館醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫，收錄4300多種期刊，每周更新4次）,（二）SciFinder Scholar的程序安裝,1．安裝程序 復旦大學校園網(wǎng)用戶，進入圖書館網(wǎng)頁的電子文獻中的外文數(shù)據(jù)庫后，選擇SciFinder Scholar。 首先下載并安裝客戶端程序，需要安裝的程序是：SFS2007.exe ，并進行相關配置。

5、 SciFinder Scholoar檢索出的物質結果中，有很多提供3D視圖，要直接查看，需要下載并安裝ViewerLite軟件。,,2．啟動程序 運行SciFinder Scholar，通過客戶端直接連接SciFinder Scholar的服務器，連接后，系統(tǒng)出現(xiàn)使用協(xié)議，接受后，進入主頁， 檢索學術文獻和信息查找特定事實或化學物質、瀏覽特選期刊的內容目錄。,SciFinder 檢索主頁,檢索學術文獻和信息,查找特定事實或

6、化學物質,瀏覽特選期刊的內容目錄,（三）檢索途徑與功能,1．Explore 檢索：（1）學術文獻檢索： 提供了Research Topic主題檢索、Author Name著者檢索、Company Name/Organization機構檢索途徑。（2）化學物質檢索： 提供了普通物質名稱檢索、分子式檢索、結構式檢索、亞結構式檢索相似結構式檢索。（3）化學反應檢索： 提供了反應式檢索、類反應式檢索。2．Locate通過輸入書目

7、信息，如：期刊名稱、文獻題名關鍵詞、專利號、CA文摘號等，查找特定的文獻如期刊或文章。3．Browse可以瀏覽特選的期刊(通過系統(tǒng)個性化服務平臺注冊后，你可以將自己感興趣的期刊進行選擇、上傳到服務器你的個人存儲箱。以后可定期瀏覽，或通知系統(tǒng)發(fā)送最新內容至你的郵箱，進行定題跟蹤。,Explore 檢索,（四）檢索規(guī)則,1．主題檢索 一般最佳在2－3個Concepts（關鍵詞），最多不超過5個 支持自然短語檢索，最好使

8、用介詞而不用Boolean運算符（如AND 、OR、NOT） 識別常用縮寫、單復數(shù)、過去式等；支持同意詞，近義詞檢索 不能用！或*（刪減字符或通配符）可用括號，括號內為前詞的同義詞 修飾語不能自行分配，需各自寫明,2．化學物質檢索 化學物質名稱最多輸入25條Read File必須是 .txt文件每個條目輸入<200字符可以有空格，不區(qū)分大小寫如果檢索結果不理想，也可在主題檢索中再檢支持俗名，商品名

9、檢索,,3．分子式檢索區(qū)分大小寫 輸入必須規(guī)范，否則會自動要求重輸 輸入時不同元素之間可用空格隔開，系統(tǒng)也會自動分割輸入鹽類，可分為酸堿組分以”.” 相連；如：H3 O4 P . 3 Na；H3 O4 P . 2 Na；H3 O4 P . Na分別代表不同的物質聚合物則輸入單體組成以括號加X，如(C4H6)X對于復雜的有機物質，可以通過分子式查詢，并通過亞結構限定獲得,（五）文獻檢索結果顯示,1．題錄 內容包括文獻的著者、文

10、獻題名、來源出處（刊名、卷期頁、年份，或專利號等）點擊顯微鏡，可看詳細內容2．文摘 內容包括除題錄外的文摘、索引詞（系統(tǒng)提供幫助用戶查找到文獻的關鍵詞）,,去重,分析和優(yōu)化檢索功能按鈕,獲取相關信息功能按鈕,（六）信息分析與優(yōu)化檢索Analyxe and Refine,在檢索結果界面中，系統(tǒng)提供了進一步優(yōu)化檢索、分析檢索結果、獲取相關文獻的功能按鈕。不同的檢索途徑檢出的結果中有不同的分析和優(yōu)化功能。,,1.主題檢索分析與優(yōu)化

11、 從Research Topic 途徑檢索，得出檢索結果后，其分析Analyxe共有11種手段， 包括Author Name作者分析：檢索結果中發(fā)表文獻最多的著者排名，幫助確定相關領域核心著者群CAS Registry Number:檢索結果中出現(xiàn)最多的物質排名CA Section Title CA學科分類：檢索結果所涉及的文獻最多的分類排名,,Company/Organization機構排名Database數(shù)據(jù)庫來源顯

12、示Document Type文獻類型如綜述、論文、專利的文獻量排名：幫助分析研究信息的新穎性、成熟性、系統(tǒng)性、實用性等不同文獻類型以反映科學的研究過程Index Term索引詞分析：分析檢索結果中檢索詞出現(xiàn)頻率排名幫助確定文獻主要內容Journal Name文獻量來源期刊排名：幫助確定相關學術期刊群Language文獻語種分布分析：幫助了解信息的地域流向,,PublicationYear文獻發(fā)表年分析：幫助了解該領域研究的歷史發(fā)

13、展，熱點時代Supplementary Term輔助索引詞分析：幫助分析文獻的其他內容,,SciFinder Research Topic優(yōu)化功能從Research Topic 檢索途徑得出結果后的Refine檢索優(yōu)化功能按鈕共有7種優(yōu)化檢索手段。,Research Topic優(yōu)化功能,,Research Topic 主題限定優(yōu)化：可將文獻限定于某一主題Company Name 機構名稱限定Author Name 著者限定Pu

14、blication Year 文獻發(fā)表年份限定Document Tpye文獻類型限定檢索Language 語種限定檢索Database 數(shù)據(jù)庫限定檢索,2．化學物質檢索結果分析與優(yōu)化 從Explore Substances檢索得出的結果，其分析Analyxe功能有6種手段，包括：Real-atom attachments真實原子附屬性：幫助分析某一特定原子上的修飾Variable group可變基團分析：幫助分析結

15、構定義中的定義的某一類基團R-group compositionR基團分析：幫助分析結構定義中的R基團Precision精確環(huán)骨架分析：幫助分析結構中存在的互變異構或者兼性離子Ring skeletons環(huán)骨架分析；Stereo構象分析：幫助分析結構中存在構象問題,其優(yōu)化限定Refine功能有：Chemical Structure結構再次限定：幫助對結構再次限定Isotope-Containning Substances同位素

16、限定：幫助獲得結構中含有同位素的物質Metal-Containing Substances金屬包含限定：幫助獲得結構中含有金屬的物質Commercial Avaliability商業(yè)化限定：幫助獲得可購買的物質Property Data性質數(shù)據(jù)限定：對可提供的物性數(shù)據(jù)分析Property Avaliability通過物質的理化性質對物質進行限定Reference Av提供參考分析：幫助獲得至少1篇參考信息,3．化學反應分析與限

17、定功能 從Explore Reaction 途徑檢索得出結果共有10種分析手段，包括： 催化劑catalyst：了解反應中出現(xiàn)的催化劑 溶劑solvent：了解反應中可能出現(xiàn)的溶劑 反應步數(shù)number of steps in reaction：了解反應步數(shù)的情況 產(chǎn)率product yield：了解產(chǎn)物的產(chǎn)率 余分析手段同Research Topic途徑,其優(yōu)化限定功能有4種，包括：Reaction Struct

18、ure 結構限定：可以進一步限定反應物產(chǎn)物，催化劑等ProductYield產(chǎn)率限定：可以對反應的產(chǎn)率事先進行限定Number of Steps 反應步數(shù)限定：可以對反應的步數(shù)事先進行限定Reaction Classification反應類型限定：可以限定反應的類型是什么,（七）檢索實例,1．查找心血管藥物Betaloc的系統(tǒng)化學物質名稱，分子式等詳細信息。在New Task 檢索任務主菜單中，選擇Locate檢索方式選擇Lo

19、cate by Substance Identifier途徑在檢索欄中輸入藥物商品名稱Betaloc 點擊OK按鈕,檢索結果,CA登記號56392-17-7,成份、分子式、立體化學結構、,CA索引名稱（Index Name）、,2．查找血小板增多的基因突變相關文獻，分析哪些方面研究較突出？檢索步驟：選擇Explore by Research Topic 檢索徑在檢索欄中輸入自然語句 “mutation gene of bl

20、ood platelet”執(zhí)行檢索,在系統(tǒng)返回結果中選擇邏輯關系最近的檢索詞出現(xiàn)在一個句子中的檢索條件語句檢索檢索條件語句選擇界面在檢索結果出現(xiàn)后，進行Analyxe的索引詞（Index Term）分析,便可分析出目前研究的突出部分是動物基因變異的研究,檢索條件語句匹配選擇,Index Term Analyxe 索引詞分析,Analyxe分析中的CA分類體系（CA Section Table Analysis）,再重返檢索結果界

21、面，進行CA分類體系分析，可得知主要研究集中在Mammailian Pathological Biochemistry 類（哺乳動物病理和生物化學方面）。,Analyxe分析中的CA分類體系（CA Section Table Analysis）,第三次選擇檢索結果中分析功能按鈕，選擇主題分類和化學物質組織文獻，可以選擇感興趣的類目或相關詞來閱讀文獻。,檢索小結：,,第二節(jié) 網(wǎng)絡版化學手冊數(shù)據(jù)庫 Crossfire Beilstein/

22、Gmelin,一、概述CrossFire Beilstein/Gmelin數(shù)據(jù)庫（通常也簡稱為CrossFire）由Elsevier MDL （Elsevier的子公司MDL Information System）出版，由Beilstein和Gmelin兩個數(shù)據(jù)庫組成，均通過CrossFire Commander客戶端在校園網(wǎng)內進行使用。數(shù)據(jù)每3個月更新一次。CrossFire Beilstein最早可回溯到1771年，CrossFi

23、re Gmelin最早回溯到1772年。,,1．CrossFire Gmelin數(shù)據(jù)庫為世界上收錄數(shù)據(jù)最全面的金屬有機和無機化學數(shù)據(jù)庫。包括《蓋墨林無機與有機金屬化學手冊/Gmelin Handbook of Inorganic and Organometallic Chemistry》1772-1975年的數(shù)據(jù)，和來源于1975年以后的主要材料科學期刊中的數(shù)據(jù)。是化學、化工領域重要的參考工具。CrossFire Gmelin可檢索數(shù)據(jù)

24、包括： (1)240多萬種化合物，包括配位化合物、合金、固溶體、玻璃與陶瓷、高分子、礦物等，包含800多種不同的化學和物理性質條目 (2) 130多萬種結構式，包括有機金屬化合物的可檢索結構式 (3) 184多萬種反應式 (4) 124多萬篇引文、篇目及文摘,,2．CrossFire Beilstein數(shù)據(jù)庫為世界上最大的有機化學數(shù)值和事實數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)來源：1779-1959年的《貝爾斯坦有機化

25、學冊/Beilstein Handbook of Organic Chemistry》、《Beilstein有機化學大全》從正編到第四補編的全部內容和1960年以來各種國際性的期刊、專利文獻、某些重要的學位論文和會議報告等述及的所有有機化合物的性質及其制備方法,CrossFire Beilstein可檢索數(shù)據(jù)包括： (1)化合物： 969多萬種化合物的結構式信息，及其所有相關科學事實和數(shù)據(jù)，包括所有相關化學屬性數(shù)據(jù)、物理屬性

26、數(shù)據(jù)、生物活性數(shù)據(jù)（包括描述藥效數(shù)據(jù)、環(huán)境毒物學數(shù)據(jù)）。 (2)反應式： 1012多萬條反應式，詳細記載了化合物的制備（包括反應物及中間產(chǎn)物的合成路線）、反應條件，方便用戶通過反應式檢索選擇、研究特定的反應路徑。 (3)文獻：包括203多萬篇引文、篇目及文摘，自由與化合物、反應式結果互相超鏈連接。,（二）主界面 主要包括四個區(qū)域,檢索字段限制選擇區(qū)內容顯示區(qū)檢索修飾區(qū)檢索輸入?yún)^(qū),CrossFire Beilst

27、ein主界面,檢索字段限制選擇區(qū),檢索詞輸入框,內容顯示區(qū),選擇數(shù)據(jù)庫,檢索字段限制選擇區(qū)包括：基本檢索（Basic Search）可從化學物質名稱及片斷檢索、化學物質索引、化學反應索引、相關文獻索引途徑檢索書目文獻檢索（Bibiliographic Information）可從文獻編號、著者姓名、文獻題名等途徑檢索化學物質特征檢索（Substance Characterizatio）可從化學物質各種特征如分子式排列、分子式

28、、重量、等途徑檢索物理常數(shù)檢索（Physical Properties）可從熔點、沸點、光學特性、分光鏡等途徑檢索化學常數(shù)檢索（Chemical Properties）可從化學反應類型等途徑檢索點擊這些字段名稱，在內容顯示區(qū)顯示字段的代碼和詳細說明，并且可以選擇字段進行限定檢索。檢索字段限制選擇區(qū)選擇數(shù)據(jù)庫內容顯示區(qū)檢索詞輸入框,（三）檢索步驟,1．選擇數(shù)據(jù)庫 2．選擇檢索方法 關鍵詞輸入檢索 高

29、級檢索 結構檢索 綜合檢索,,關鍵詞檢索：通過字段限制選擇區(qū)選擇字段后，在Search All Text檢索框中輸入要檢索的關鍵詞，可以輸入一個也可以同時輸入多個關鍵詞，詞與詞之間可以用“near”、“and”、“next”、“not”、“or”以及“proxinity”等6種算符進行組配。,,高級檢索： Advanced Search Guide Search,,Advanced Search需要

30、用戶直接輸入檢索式：輸入檢索式確定字段代碼如：在檢索框中輸入：TI=aspirin and AU=neault, *,Advanced Search,輸入檢索式,,Guide Search如：在search Fields 欄中輸入RN，在Field content 中輸入化學物質登記號67-68-5,,3．檢索結果顯示 檢索預覽、檢索結果列表、To report （保存）、View (顯示內容),CrossFire Beils

31、tein 檢索結果,（五）檢索舉例,查詢抗病毒劑的合成路線及Gmelin相關文獻第一步，選擇數(shù)據(jù)庫Gmelin，Beilstein第二步，選擇檢索字段 Citation Basic Index第三步，選擇Guide 檢索方式第四步，輸入檢索字段代碼TI，檢索詞antiviral , synthesis 確定邏輯符 and第五步，點擊Start Search按鈕輸入檢索字段輸入檢索詞選擇邏輯符選擇檢索內容確定字段代碼選擇數(shù)據(jù)

32、庫,檢索舉例,輸入檢索字段,輸入檢索詞,選擇邏輯符,選擇數(shù)據(jù)庫,選擇檢索內容確定字段代碼,,Gmelin 相關文獻記錄簡要內容：分欄顯示，左側為檢索式和結果記錄數(shù)，右側為題錄內容包括記錄編號、著者、來源出處（刊名、年、卷、期、頁）,檢索結果,詳細內容包括題錄、文摘。Beilstein相關記錄，簡要信息包括記錄號、文獻類型、著者、來源出處（刊名、年、卷、期、頁）Beilstein詳細記錄顯示題錄、文摘、以及進一步可點擊顯示的字段內容

33、，包括化學物質特性、化學反應記錄,,化學反應記錄中顯示反應編號、反應劑和產(chǎn)品的Beilstein登記號、反應分類、反應劑、反應條件、相似反應。點擊反應號，可以進一步顯示合成詳細信息、合成路線,第三節(jié) EMBase,一、數(shù)據(jù)庫概述二、EMBase的記錄字段三、EMBase的規(guī)范詞系統(tǒng)（EMTREE）四、EMBase的Ovid檢索,一、數(shù)據(jù)庫概述,EMBase（Excerpata Medica Database）是荷蘭Elsevie

34、r Science出版社建立的生物醫(yī)學與藥學書目數(shù)據(jù)庫，國內稱之為“荷蘭醫(yī)學文摘數(shù)據(jù)庫”。 該數(shù)據(jù)庫收錄的文獻內容包括：藥物研究、藥理學、藥劑學、毒理學、人類醫(yī)學（臨床和實驗方面）、衛(wèi)生政策和管理、公共衛(wèi)生、職業(yè)衛(wèi)生、環(huán)境衛(wèi)生、藥物依賴與濫用、精神病學、法醫(yī)學、生物醫(yī)學工程和儀器。另外有選擇的包含了護理、牙醫(yī)學、獸醫(yī)學、心理學和其他相關醫(yī)學。,EMBase突出藥物文獻的收錄和藥物信息的反映，具體體現(xiàn)在以下幾個方面： 1）收錄藥物文

35、獻多。 2）藥物副主題詞多。 3）藥物信息字段多。EMBase有三個獨立的數(shù)據(jù)庫： 1） Excerpta Medica Database (EMBase) 2） EMBASE Drugs and Pharmacology (EMDP) 3） EMBASE Psychiatry (EMPS),二、EMBase的記錄字段,EMBase在Ovid中的所有字段見教材表8-3-1。,三、EMBase的規(guī)范詞系統(tǒng)（EMTRE

36、E）,EMBase中的主題詞稱敘詞（Descriptor），又稱優(yōu)先詞（Preferred Terms）,它包括擴展詞（Explosion Terms）和非擴展詞（Non-Explosion Terms）兩大類，這些詞都由主題詞表EMTREE控制。 EMTREE的印刷版分三冊，第一冊是字順表（Alphabetical Index），第二冊是樹型結構（Tree Structure），第三冊是輪排詞索引（Permuted Term Ind

37、ex）。,EMTREE中的敘詞具有以下特點：1．自然語序，不用倒置。2．名詞采用單數(shù)形式。3．采用美式拼法。4．很少采用縮寫或簡稱。5．希臘字母用英語字母拼出。6．通常不用連字符、撇號、省字號和逗號等（化學名稱例外）。EMBase中的副主題詞稱為連接詞（Link Terms）,其中疾病連接詞14個，藥物連接詞17個，給藥方式連接詞47個。,四、EMBase的Ovid檢索,EMBase和MEDLINE用同一檢索系統(tǒng)Ovid，