primerpremier中文使用說(shuō)明

1、PrimerPremier4.10PrimerPremier4.0是由加拿大的Premier公司開(kāi)發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)，評(píng)估的軟件，和PlasPremier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產(chǎn)品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Geank），引物設(shè)計(jì)窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和紋基分析窗口（Motif）。這里我們主要介紹其引物設(shè)計(jì)功能，其他功能的介紹

2、請(qǐng)參看PlasPremier2.02。打開(kāi)程序首先進(jìn)入的是序列編輯參看，與PlasPremier相比，其多了一個(gè)語(yǔ)音校正的功能，即在輸入序列的時(shí)候，程序自動(dòng)將堿基讀出，以便用戶進(jìn)行校正，保證輸入的正確和快速。點(diǎn)擊該界面的按鈕即可進(jìn)入到程序的引物設(shè)計(jì)窗口。該界面共分為四層，最上面一層左面是5個(gè)控制按鈕，用于實(shí)現(xiàn)引物設(shè)計(jì)中的各種功能，包括引物自動(dòng)尋找，尋找結(jié)果查看和引物編輯；右邊是觀察兩個(gè)引物在模板上結(jié)合位置的直觀圖以及對(duì)正鏈還是負(fù)鏈引物進(jìn)

3、行選擇；第二層是顯示模板和引物序列及二者間的配對(duì)情況的顯示；第三層是顯示兩個(gè)引物的各種參數(shù)，包括給引物的打分，引物以及產(chǎn)物的起始位置、長(zhǎng)度、Tm值、GC％消光系數(shù)、簡(jiǎn)并性；最后一層是給出的有關(guān)于引物的二聚體結(jié)構(gòu)、發(fā)卡結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性，重復(fù)序列，二聚體發(fā)卡結(jié)構(gòu)和與模板及可能的雜質(zhì)DNA（需要從另外的序列文件中讀入）之間的錯(cuò)配情況，這些參數(shù)的設(shè)定可以根據(jù)要求變化，程序本身根據(jù)一定的標(biāo)準(zhǔn)分成從極高嚴(yán)謹(jǐn)性到極低嚴(yán)謹(jǐn)性5個(gè)檔次。該程序?qū)σ锏淖詣?dòng)搜索

4、過(guò)程是采用的排除法，根據(jù)用戶設(shè)定的引物范圍和產(chǎn)物長(zhǎng)度所規(guī)定區(qū)域內(nèi)，所有的符合設(shè)定的引物長(zhǎng)度的寡核苷酸都被視為可能的引物，然后根據(jù)以上各個(gè)參數(shù)逐步去除不符合條件的寡核苷酸，經(jīng)過(guò)這種層層剔除的篩選，最終找到符合用戶所設(shè)定標(biāo)準(zhǔn)的引物，如果找不到合適的引物可以逐步降低要求來(lái)進(jìn)行進(jìn)一步搜尋。搜尋到引物結(jié)果最終顯示在下面的窗口中：在結(jié)果窗口中給出了程序給該對(duì)引物的打分（rating）和上下游引物的起始位置和長(zhǎng)度以及產(chǎn)物的長(zhǎng)度。通過(guò)直接點(diǎn)擊各對(duì)引物在