pymol使用教程

1、簡介簡介&安裝安裝Pymol是一個開放源碼，由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，由WarrenLyfdDeLano編寫，并且由DeLanoScientificLLC負(fù)責(zé)商業(yè)發(fā)行。Pymol被用來創(chuàng)作高品質(zhì)的分子（特別是生物大分子如蛋白質(zhì)）三維結(jié)構(gòu)。據(jù)軟件作者宣稱，在所有正式發(fā)表的科學(xué)論文中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用Pymol來制作的。Pymol名字的來源：“Py”表示該軟件基于python這個計算機(jī)語言，“Mol”則是英文分子

2、（molucule）的縮寫，表示該軟件用來顯示分子結(jié)構(gòu)。由于實驗需要，本人正在學(xué)習(xí)該軟件，在這里把學(xué)習(xí)過程記錄下來，希望對有需要的朋友有所幫助。今天先來說說安裝吧。自2006年8月1日起，DeLanoScientific對事先編譯好的PyMOL執(zhí)行程序（包括beta版）采取限定下載的措施。目前，只有付費(fèi)用戶可以取得。不過源代碼目前還是可以免費(fèi)下載，供使用者編譯。如果你和我一樣，不想為此花錢的話：1.如果你是Windows用戶，首先下載P

3、ymol的源代碼。然后安裝CygWin，并且確保正確安裝以下模塊：?C(gccgpackagename)?Python?OpenGL?PNG然后在源代碼目錄里面依次運(yùn)行：2.如果你是Linux用戶，首先確保以下東東已安裝：?Python?Pmw?OpenGLdriver（我用的是NVdia）?libpng?Subversionclient（下載源代碼需要）然后下載Pymol的源代碼$mkdirpymolsrc$svnco:pymol.s

4、vn.svnrootpymoltrunkpymolpymolsrc然后進(jìn)入源代碼目錄#cdpymolsrc開始依次編譯當(dāng)你打開Pymol后，你將會看到如下圖所示的界面：該界面分為2窗口，上面的外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分為左右兩塊，左邊用來顯示結(jié)構(gòu)圖像的（Viewer），右邊則是一個內(nèi)部GUI窗口（InternalGUI)。Viewer自身包含一個命令行（如圖中左

5、下方的PyMOL提示符），可以用來輸入Pymol命令；在InernalGUI中則可以選定一些特定的對象并完成一些操作。ExternalGUI則包含一個標(biāo)準(zhǔn)菜單、一個輸出區(qū)、一個命令行輸入?yún)^(qū)以及右邊的一些常用命令按鈕。請注意，標(biāo)準(zhǔn)的“復(fù)制、剪切和粘貼”操作只能在ExternalGUI中完成，并且必須使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”來完成，這也是這個所謂的外部GUI的最重要的優(yōu)點。加載文件，有二種方法：1.在Externa