基因序列比對算法的優(yōu)化研究.pdf

1、1990年，人類基因組計(jì)劃(HGP)正式啟動，該計(jì)劃被譽(yù)為生命科學(xué)的“阿波羅登月計(jì)劃”，隨著該計(jì)劃的實(shí)施，生物學(xué)相關(guān)的數(shù)據(jù)呈爆炸式的增長。如何對這些海量的生物數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，成了生物科學(xué)家亟待解決的問題。生物信息學(xué)融合了分子生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)等學(xué)科知識，為日益增長的生物數(shù)據(jù)的處理提供了新的方法。在生物信息學(xué)的研究中，最基礎(chǔ)的問題是對生物序列進(jìn)行分析，序列比對是最基本的操作，它對于發(fā)現(xiàn)生物序列中的功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化信息具有非常重要的意義

2、。如何開發(fā)出高效、準(zhǔn)確的序列比對算法是目前序列比對的一個難點(diǎn)，本文基于以上背景對序列比對問題進(jìn)行研究。
　　本文首先對序列比對問題的研究現(xiàn)狀做了簡要分析，對生物信息學(xué)的基礎(chǔ)知識做了簡單概括。然后深入研究了序列比對問題，對經(jīng)典的雙序列比對算法:Needleman-Wunsch算法、Smith-Waterman算法及點(diǎn)陣圖法進(jìn)行了系統(tǒng)論述;對多序列比對中的精確比對算法、漸進(jìn)比對算法、迭代算法進(jìn)行了討論，對基于這三個算法思想的幾個常用算