戈登氏菌WQ-01和WQ-01A的“4S”途徑相關(guān)酶的計(jì)算機(jī)模擬.pdf

1、首先，采用同源模建的方法構(gòu)建出兩株菌的脫硫酶的三維結(jié)構(gòu)，選擇的模板分別為DszA(1TVLA)，DszB(2DE2)，DszC(1IVH)，它們與模板的同源性分別為39％，87％，25％。 其次，通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法研究了關(guān)鍵酶DszB與底物HBPS的相互作用。我們從蛋白穩(wěn)定性，蛋白與小分子之間的氫鍵作用，蛋白表面電荷分布以及結(jié)合能等方面證明了，WQ-01的DszB蛋白一級(jí)結(jié)構(gòu)的改變，確實(shí)使得改蛋白在空間結(jié)構(gòu)，蛋白穩(wěn)定性以及

2、蛋白活性上均發(fā)生了變化。這些變化即為WQ01A脫硫能力增強(qiáng)的原因。 再次，采用分子對(duì)接的方法預(yù)測(cè)了DszA，DszC酶的活性位點(diǎn)，分別為DszA，Arg447和Gln451；目前，DszC的活性位點(diǎn)還不能用計(jì)算的手段算出來(lái)。 最后，完成了原始菌dszC基因的異源表達(dá)工作。選擇Sac Ⅰ和HindⅢ為酶切位點(diǎn)，經(jīng)雙酶切后用T4 DNA連接酶將dszC基因片段連接到表達(dá)型質(zhì)粒pET-28a上，構(gòu)建出重組質(zhì)粒pDC。再將pDC