基于RNA-Seq技術(shù)篩選的功能性融合轉(zhuǎn)錄本TSNAX-DISC1與子宮內(nèi)膜癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、作為一種特殊的個體突變,融合基因是由兩個相鄰基因的全部或一部分序列相互融合,通過基因間剪接從而形成的一種新的轉(zhuǎn)錄物。越來越多的研究表明,融合基因與多種腫瘤的形成和發(fā)展密切相關(guān),但是與子宮內(nèi)膜癌的相關(guān)性研究還尚未報道。
　　本研究采用Ilumina HiSequence2000測序平臺對9對子宮內(nèi)膜癌和癌旁組織進(jìn)行100bp雙末端轉(zhuǎn)錄本測序檢測差異表達(dá)的融合基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn)位于子宮內(nèi)膜癌易感區(qū)域1q42.2內(nèi)的融合轉(zhuǎn)錄本TSNAX-D

2、ISC1在子宮內(nèi)膜癌和癌旁組織中存在顯著的表達(dá)差異,該融合轉(zhuǎn)錄本在多數(shù)癌組織中的表達(dá)水平顯著上調(diào)。利用逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(reverse transcription PCR,RT-PCR)的方法,我們發(fā)現(xiàn)融合轉(zhuǎn)錄本TSNAX-DISC1并非通過染色體重排的方式形成,而是由相鄰基因TSNAX和DISC1的基因間剪接導(dǎo)致的。進(jìn)一步的數(shù)據(jù)分析顯示,CCCTC-結(jié)合因子(CTCF)在TSNAX和DISC1基因間的絕緣子元件上的結(jié)合強(qiáng)度與該融合轉(zhuǎn)

3、錄本的表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)。位于TSNAX和DISC1基因間的長鏈非編碼RNA lincRNA-NR_034037,通過干擾絕緣子與CTCF的相互作用調(diào)控融合轉(zhuǎn)錄本TSNAX-DISC1的形成以及TSNAX/DISC1的表達(dá)水平。另外,熒光素酶報告基因以及染色質(zhì)免疫共沉淀(ChIP)實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,異常表達(dá)的TSNAX可顯著抑制TRAX、Translin和SF-1三者形成的蛋白復(fù)合體在類固醇激素合成急性調(diào)控蛋白(StAR)基因啟動子上的募集,