1型鴨肝炎病毒基因組測(cè)序及基因組結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、本研究旨在測(cè)定1型鴨肝炎病毒(duck hepatitis virus type 1，DHV-1)C80株(DHV-C80)的基因組序列，分析DHV-1的基因組結(jié)構(gòu)，并對(duì)DHV-1的分類地位提出建議。 比較已知小RNA病毒基因組核苷酸序列設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，提取DHV-C80基因組核酸為模板，經(jīng)RT-PCR獲得DHV-C80部分序列，據(jù)此設(shè)計(jì)特異性引物分段擴(kuò)增以獲得DHV-C80基因組大部分序列，再用3’和5’RACE技術(shù)擴(kuò)增DHV-

2、C80基因組3’和5’末端序列，經(jīng)序列拼接和驗(yàn)證獲得了DHV-C80的基因組序列。不計(jì)18 nt的Poly(A)尾，DHV-C80株基因組長(zhǎng)7689 nt，GC含量為43.3％；基因組僅含一個(gè)開放閱讀框(Open reading frame，ORF)，編碼長(zhǎng)度為2249個(gè)氨基酸的聚蛋白，ORF的5’端和3’端分別為625 nt和3 14 nt的非翻譯區(qū)(untranslated region，UTR)。 預(yù)測(cè)DHV-C80聚蛋白

3、存在11個(gè)切割位點(diǎn)，最終產(chǎn)物為12個(gè)蛋白。結(jié)果表明，DHV-1具有小RNA病毒的基因組結(jié)構(gòu)：VPg-5’UTR-L-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3’UTR-poly(A)。但DHV-1的基因組和聚蛋白也有幾個(gè)特點(diǎn)：可能擁有類似于豬捷申病毒1型的內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)，3’UTR是小RNA病毒中最長(zhǎng)的，聚蛋白N端有一個(gè)短的先導(dǎo)蛋白，缺乏VP0的成熟切割，存在于多數(shù)小RNA病毒VP1 βI鏈C端的

4、CPRP四肽，在DHV-1中存在于VP0的相應(yīng)位置，DHV-1的2A蛋白由兩個(gè)結(jié)構(gòu)上不相關(guān)的蛋白(2A1和12A2)組成，2A1蛋白與口蹄疫病毒、心病毒、馬鼻病毒、捷申病毒的2A蛋白相似，含有自我切割信號(hào)NPGP，2A2蛋白則與雙?？虏《尽⑶菽X脊髓炎病毒和愛知病毒的2A蛋白相似，含有細(xì)胞蛋白H-rev 107家族所特有的H-NC盒，2A2蛋白的N端(2-167位)還存在一個(gè)在擬南芥、小鼠、大鼠、人等高等植物和脊椎動(dòng)物中十分保守的AIG1

5、域，表明DHV-1的2A2區(qū)可能來源于細(xì)胞。 相對(duì)于其他小RNA病毒而言，DHV-1與雙?？虏《緦俚某蓡T間的同源性最高，但衣殼蛋白(VP1和P1)的氨基酸序列同源性不超過30％，保守的非結(jié)構(gòu)蛋白(2C、3D和2C+3CD)的氨基酸序列同源性不超過40％。用2C、3D、P1和2C+3CD蛋白進(jìn)行進(jìn)化分析的結(jié)果表明，DHV-1與雙埃柯病毒屬的成員具有相近的遺傳關(guān)系，但亦存在顯著的差異，這種差異在VP1進(jìn)化樹中進(jìn)一步得到證實(shí)。在3D進(jìn)