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文檔簡介
1、RNA-蛋白質相互作用在許多生命活動中有著至關重要的作用,如基因調控,RNA剪切和蛋白質合成。高精度的RNA-蛋白質復合體結構能夠幫助深入的理解這些生命過程。但是,實驗方法來解析RNA-蛋白質復合體結構十分繁瑣,而且需要耗費大量的時間和金錢。因此,通過理論的方法來預測RNA-蛋白質復合體結構就變得尤為重要。目前,基于理論的RNA-蛋白質預測方法還比較少。針對上述問題,提出了一套RNA-蛋白質復合體結構的預測方法3dRPC,其中包括RNA
2、-蛋白質對接方法RPDOCK和RNA-蛋白質打分方法DECK-RP。
本文的主要內容如下:
1,RNA-蛋白質對接方法的研究。本文提出了一個基于快速傅里葉變換的RNA-蛋白質對接方法RPDOCK。在對接中充分考慮了RNA-蛋白質相互作用的幾個特征:首先,RNA-蛋白質相互作用界面與蛋白質-蛋白質相互作用界面在原子堆積上不同;其次,靜電在RNA-蛋白質相互作用中有非常重要的作用;最后,堿基和芳香族側鏈之間的堆積效應在R
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