DNA序列相似性比對算法研究.pdf

1、DNA序列比對是生物信息學(xué)中最重要和最基礎(chǔ)的研究方向之一，是研究物種間同源性關(guān)系的重要手段。隨著生物序列數(shù)據(jù)的飛速增長，如何提高序列比對速度和靈敏度成為生物序列比對研究需要迫切解決的問題。
　　為提高DNA序列比對的準確性，本文提出了新的算法，主要的研究內(nèi)容和取得的成果如下:
　　利用圖形表示方式來分析DNA序列相似性時，局部差異是反映相似性的重要內(nèi)容，但某些局部差異累積會導(dǎo)致本來十分相似的DNA序列在全局上呈現(xiàn)出較大的差異

2、，從而導(dǎo)致誤判。根據(jù)這一思想，本文提出基于SDTW算法的DNA序列相似性分析，該算法通過合理的分段既保持了局部差異的作用又在一定程度上控制了局部差異對全局差異的影響范圍。文中以9個物種β-球蛋白第一個外顯子的編碼序列作為分析對象，將該算法與已有算法的分析結(jié)果進行比較。結(jié)果表明運用SDTW算法進行相似性分析，結(jié)果更加準確，敏感性也較高，有助于提高進化距離較近的分析對象間的區(qū)別度，可將其進一步應(yīng)用于生物序列的信息分析。
　　蟻群算法是