蛋白質(zhì)序列相似性分析.pdf

1、本文研究的蛋白質(zhì)是生物體中含量最高、功能最重要的生物大分子之一。近年來,隨著基因組草圖的繪制完成,蛋白質(zhì)研究進(jìn)入了一個(gè)新的高潮迭起的時(shí)代。氨基酸是蛋白質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)單元,在蛋白質(zhì)中出現(xiàn)的氨基酸共有20種,氨基酸以肽鍵相互連接,形成肽鏈。因此在生物學(xué)中,蛋白質(zhì)常被解釋為是由氨基酸借肽鍵連接起來的多肽,然后由多肽連接起來形成的物質(zhì)。將20種氨基酸作為蛋白質(zhì)序列的基本單元,為分析蛋白質(zhì)序列提供了條件。
　　 在現(xiàn)存蛋白質(zhì)序列分析方法的基

2、礎(chǔ)上,本文將尋找一種不同于以往的蛋白質(zhì)序列分析方法。通過對不同種類的蛋白質(zhì)的相似性分析,進(jìn)一步闡述了蛋白質(zhì)之間的相似關(guān)系,從而也多方面驗(yàn)證了新方法的有效及可行性。本文主要有以下幾個(gè)方面的成果:
　　 一考慮氨基酸的親疏水性,提出了新的統(tǒng)計(jì)量K-塊(K=1,2,3)及概率統(tǒng)計(jì)方法,完成了序列到數(shù)值的轉(zhuǎn)換,構(gòu)造出全新的56維向量。
　　 二尋找一種便于計(jì)算的序列距離用于蛋白質(zhì)的相似性分析,很大程度上簡化了計(jì)算的復(fù)雜度,便于對

3、未知蛋白質(zhì)進(jìn)行快速分析。
　　 三選取多種代表性蛋白質(zhì)(9種ND5蛋白數(shù)據(jù),13種β珠蛋白數(shù)據(jù),43種生物的細(xì)胞色素C數(shù)據(jù)以及40種病毒蛋白數(shù)據(jù))并用新方法進(jìn)行相似性分析,與Clustal X軟件和MEGA4.1軟件共同構(gòu)建的蛋白質(zhì)聚類樹及現(xiàn)有的結(jié)果進(jìn)行比較,分析結(jié)果并討論方法的可行性。
　　 四根據(jù)蛋白質(zhì)相似性分析的結(jié)果總結(jié)出方法的適用范圍及局限性。
　　 本文通過研究發(fā)現(xiàn),由于膜蛋白的親疏水性在進(jìn)化過程中被保