基于新一代測(cè)序數(shù)據(jù)的非編碼RNA基因的系統(tǒng)挖掘.pdf

1、非編碼RNA(ncRNA)是一類以RNA形式行使功能的非蛋白編碼的RNA,在細(xì)胞的生長(zhǎng)、分化和死亡以及癌癥和腫瘤的發(fā)生和發(fā)展等方面發(fā)揮重要作用。能夠快速測(cè)定數(shù)百萬條標(biāo)簽序列的新一代高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用已經(jīng)改變了RNA組學(xué)研究的景觀。然而對(duì)這些海量數(shù)據(jù)進(jìn)行探測(cè)以及在其中鑒定新或新類的非編碼RNA是一項(xiàng)令人畏懼的挑戰(zhàn)。
　　 本研究中,我們開發(fā)了一個(gè)新的數(shù)據(jù)庫-deepBase,對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行全面的注釋并發(fā)現(xiàn)新的小分子RNA。當(dāng)前

2、版本的deepBase數(shù)據(jù)庫包含了來自七個(gè)物種不同組織和細(xì)胞系的185個(gè)小分子RNA文庫的深度測(cè)序數(shù)據(jù),這七個(gè)物種分別是:人、小鼠、雞、玻璃海鞘、黑腹果蠅、秀麗線蟲和擬南芥。通過對(duì)約1460萬條可以與超過2.84億個(gè)基因組位點(diǎn)完美匹配的測(cè)序序列的分析,我們注釋和鑒定了約38萬個(gè)非編碼RNA相關(guān)的小分子RNA(nasRNA)、約150萬個(gè)啟動(dòng)子相關(guān)的小分子RNA(pasRNA)、約400萬個(gè)外顯子相關(guān)的小分子RNA(easRNA)和月60

3、0萬個(gè)重復(fù)元件相關(guān)的小分子RNA(rasRNA)。而且,我們還利用miRDeep和snoSeeker預(yù)測(cè)出了2038個(gè)miRNA候選分子和1889個(gè)snoRNA候選分子。所有比對(duì)后的測(cè)序序列可以歸為大約120萬個(gè)RNA簇。為了便于進(jìn)行比較分析,deepBase提供了一個(gè)綜合性的、交互式的和多樣化的顯示方式,同時(shí)還提供了便捷型的搜索功能、相關(guān)的參考文獻(xiàn)和其它有用的信息以便于進(jìn)一步的研究。用戶可以登錄http://deepbase.sysu

4、.edu.cn/網(wǎng)站使用deepBase高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。
　　 雖然高通量測(cè)序技術(shù)極大地有助于轉(zhuǎn)錄組的研究,但是缺乏分析這些數(shù)據(jù)的有效工具是當(dāng)前主要的瓶頸。本研究,我們開發(fā)了一個(gè)deepView基因組瀏覽器可視化和分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。deepView可以可視化瀏覽基因組序列、注釋、變異,小RNA的表達(dá)模式和表達(dá)豐度。同時(shí),我們開發(fā)了一個(gè)整合的軟件系統(tǒng)maNGS分析深度測(cè)序數(shù)據(jù)和鑒定小非編碼RNA。maNGS包含了一個(gè)新的