利用選擇群體中等位基因頻率的漲落定位QTL.pdf

1、目前QTL定位通常使用基因型與表型值之間的關(guān)聯(lián)來定位QTL。這種方法在QTL的效應(yīng)比較低的情況下檢測的power值很低，QTL的定位精度也很難達(dá)到克隆基因的精度。雖然可以利用特殊的實驗設(shè)計進(jìn)行精細(xì)定位，提高QTL定位精度，但是精細(xì)定位的成本巨大。 為了改善上述問題，本文考察了一種新的定位QTL的方法，即用等位基因頻率的改變來定位QTL。試驗考察了零假設(shè)和備擇假設(shè)下等位基因頻率的變化。備擇假設(shè)分別考察了在近交系形成的基礎(chǔ)群和遠(yuǎn)交群

2、體中實施選擇的情況。第一種情況分別檢測了一個性狀選擇標(biāo)記就是QTL，多標(biāo)記染色體及同時對4個性狀進(jìn)行選擇的power。第二種情況檢測了一個座位多等位基因時本方法的power。 試驗?zāi)M了經(jīng)過10代選擇后群體的等位基因頻率的變化。零假設(shè)下考察10個世代隨機(jī)交配后等位基因頻率的變化范圍，并通零假設(shè)下分布確定閾值。只考察一個位點時，分別使用Wright-Fisher模型，Kimura的近似計算公式和gene-dropping三種方法來

3、確定閾值。模擬一條染色體上單個等位基因頻率變化的閾值時只用gene-dropping法確定閾值。此時閾值隨著染色體上標(biāo)記數(shù)目的增加而增大。如染色體上有1、11、21、101個標(biāo)記，1％顯著水平臨界值分別為(0.24，0.76)，(0.21，0.79)，(0.20，0.80)，(0.18，0.82)。 備擇假設(shè)首先考察了單位點和染色體上多標(biāo)記兩種情況下經(jīng)過10代選擇后等位基因頻率的變化。當(dāng)考察一個位點即標(biāo)記就是QTL，群體的選擇比

4、率為0.5，QTL加性遺傳效應(yīng)為0.4時，檢測到QTL的比率約為100％，這顯著的高于回交設(shè)計和F2設(shè)計。實驗?zāi)M了有一個QTL染色體和有兩個連鎖的染色體。在這兩種情況下該方法檢測效率和精度都比回交設(shè)計和F2高。如，在每厘摩一個標(biāo)記時，起始遺傳力為0.1的QTL的95％置信區(qū)間在6cM范圍內(nèi)。染色體上有連個反相連鎖的QTL時，用等位基因頻率定位QTL能把QTL鎖定在一個較小的置信區(qū)間內(nèi)。即使其中一個QTL只有0.05的起始遺傳力，該方法

5、也能將其定位到10cM以下的區(qū)域內(nèi)。 備擇假設(shè)還考察了根據(jù)選擇指數(shù)的高低確定選留個體時該方法的power。依據(jù)模擬結(jié)果此時QTL的檢測效率主要取決于在指數(shù)中所占權(quán)重較大的性狀的起始遺傳力。如果該性狀的起始遺傳力大則檢測效率高，反之檢測效率低。 最后考察了將一對個體繁殖得到的后代作為基礎(chǔ)群，經(jīng)過10個世代選擇以后，等位基因頻率的變化情況。考察了起始的一對個體的QTL有2，3，4個等位基因的情況。該位點基因效應(yīng)服從α～(0，