隱馬爾可夫模型在基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模中的應(yīng)用.pdf

1、人類(lèi)基因組草圖的繪制完成,標(biāo)志著現(xiàn)代生命科學(xué)研究已經(jīng)進(jìn)入了后基因組時(shí)代。生物學(xué)關(guān)心的焦點(diǎn)已由結(jié)構(gòu)基因組學(xué)轉(zhuǎn)向了功能基因組學(xué),對(duì)基因彼此之間的相互作用,尤其是基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建,受到越來(lái)越多的關(guān)注。建立基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型的目的是為了更形象地從系統(tǒng)水平上研究基因之間的相互作用關(guān)系,從而幫助理解生命現(xiàn)象的本質(zhì)規(guī)律。由于實(shí)際基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)復(fù)雜的隨機(jī)系統(tǒng),目前大多數(shù)確定型基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型存在著結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單且需預(yù)先確定、描述較為粗糙、精確性不高等

2、缺點(diǎn)。然而,隨機(jī)型模型卻具有不依賴(lài)于先驗(yàn)知識(shí)和參數(shù)模型、可采用實(shí)例學(xué)習(xí)的方法獲取模型參數(shù)、統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上更為可靠、而且通過(guò)增加學(xué)習(xí)的實(shí)例可以提高基因網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的魯棒性等優(yōu)點(diǎn)。因此,概率基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型近年來(lái)已受到越來(lái)越多的關(guān)注,本文也主要研究和討論了概率基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的特點(diǎn)及其構(gòu)建方法。已有概率基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建大都建立在聚類(lèi)的基礎(chǔ)上,本文首先對(duì)廣泛應(yīng)用于聚類(lèi)分析中的k-means聚類(lèi)算法進(jìn)行了一定改進(jìn)以提高聚類(lèi)質(zhì)量,并基于改進(jìn)的聚類(lèi)算法和冗