分子動(dòng)力學(xué)模擬蛋白質(zhì)在固液界面的吸附.pdf

1、蛋白質(zhì)在固體表面的吸附在許多工業(yè)和醫(yī)藥過程中具有重要的作用.近幾十年來,盡管人們對蛋白質(zhì)吸附的研究取得了很大進(jìn)展,但對蛋白質(zhì)吸附的機(jī)理仍缺乏深入的了解,現(xiàn)在仍然不能準(zhǔn)確預(yù)測吸附后蛋白質(zhì)分子的取向以及吸附過程引起的構(gòu)象變化,而這些工作對于理解、控制和利用界面上蛋白質(zhì)的生物過程是非常重要的.分子動(dòng)力學(xué)(MD)模擬是研究吸附等表面現(xiàn)象的強(qiáng)有力手段.在MD模擬過程中,所有原子的位置都可以知道,可以從分子水平上來研究吸附的機(jī)理和吸附動(dòng)力學(xué).該文根

2、據(jù)蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)的特點(diǎn),采用剛體模型,對聚十賴氨酸分子在固液界面上的吸附過程進(jìn)行了分子動(dòng)力學(xué)模擬.模擬在NVT條件下進(jìn)行,采用周期性邊界條件,各分子初始速度按Maxwell分布.勢能的計(jì)算采用球形截?cái)喾?結(jié)合最近鄰象變換法,對模擬原胞內(nèi)原子進(jìn)行適當(dāng)?shù)姆纸M,顯著地提高了模擬速度.分子動(dòng)力學(xué)模擬的結(jié)果表明:在吸附過程中,主鏈二面角和ψ均發(fā)生了不同程度的變化,其中部分角超出了α螺旋的二面角范圍,使聚十賴氨酸分子的螺旋結(jié)構(gòu)受到了部分破壞;除此之