丹參轉錄資源數據庫的構建及應用.pdf

1、在基因測序技術支持下，各物種的基因組信息也越來越多，所以有必要整合分類測序數據，因此產生了繁多的基本數據庫及二級數據庫。初級數據庫只是簡單地將測序所得數據歸類、整合，數據質量參差不齊。但二級數據庫是由研究者根據自身工作需要，提取基本數據庫中的數據進行多種分析，并得到與研究目的相關的數據整合而成。所以二級數據庫中序列質量更高、針對性也更強，在相關領域的生物信息學分析及實驗研究中具有更為重大的意義。
　　丹參作為傳統(tǒng)中藥在治療心血管疾

2、病中有較好的效果，雖然目前有很多臨床實驗表明其療效，但是丹參中有效成分如丹參酮、丹酚酸等合成機制，以及丹參在基因水平的對疾病的調控機制尚未清楚。因此本文結合測序技術和計算機技術來構建一個丹參的轉錄資源數據庫，為在丹參基因組水平的研究提供便利。
　　本文的主要研究內容如下:
　　1、簡述研究背景，以及植物中編碼RNA、非編碼RNA、小RNA等轉錄資源的概念和生物學功能。
　　2、詳細介紹丹參中轉錄資源:coding RN

3、A、lncRNA、miRNA以及phasiRNA的分析過程。在獲取測序所得的RNA-seq、sRNA-seq數據后，按質量過濾分析、序列拼接、表達量計算、GO功能注釋分類等過程來進行分析。分類整合分析結果，并歸入丹參的轉錄資源數據庫。該丹參數據庫中包含coding RNA、lncRNA、miRNA以及phasiRNA的序列信息、長度信息、注釋信息等，對于已知的miRNA加入了對應的莖環(huán)序列信息。庫中還包含了phasiRNA的PHAS基因