中藥穿心蓮和冬凌草的計算藥理學(xué)研究.pdf

1、眾所周知，癌癥嚴(yán)重威脅著人類的生命健康，已然成為當(dāng)今人類的第一大殺手。因此，對于癌癥的預(yù)防和治療已成為一個全球性亟待解決的嚴(yán)峻問題。中藥穿心蓮和冬凌草在治療癌癥的方面具有顯著的療效，我們希望通過對上述兩味中藥的計算藥理學(xué)研究，找到其中抗癌效果較好的活性分子，為抗癌藥物的研發(fā)提供指導(dǎo)。
　　本文主要分為三個部分：
　　第一，通過文獻(xiàn)查找，得到穿心蓮中已知的147種化合物以及冬凌草中已知的168種化合物。然后用Cerius2軟件

2、對上述兩味中藥的化學(xué)成分進(jìn)行化學(xué)描述符計算，通過化學(xué)描述符分析發(fā)現(xiàn)二者所含的絕大多數(shù)小分子符合 Linpiski五原則，說明這些小分子具有很好的藥代動力學(xué)性質(zhì)。通過主成分分析發(fā)現(xiàn)兩味中藥的化學(xué)成分與77種抗癌藥物的化學(xué)空間分布有重疊，說明這些小分子中可能含有抗癌的活性成分。
　　第二，虛擬篩選。用Cerius2軟件將上述兩味中藥的化學(xué)成分分別與31種與癌癥有關(guān)的蛋白靶標(biāo)（共41個活性位點）對接，以原配體的對接得分為參考，選出得分較

3、高的化合物小分子。然后用 Pajek軟件構(gòu)建配體與受體的網(wǎng)絡(luò)圖，并利用Centibin分別計算兩種中藥中篩選出的具有較高得分的小分子的Degree和Betweeness值，值越高說明分子具有抗癌活性的可能性越大。最后我們從穿心蓮中篩選出了9種活性較高的化合物，從冬凌草中篩選出了10活性較高的化合物。這19種化合物中，除了黃酮類化合物外，還有穿心蓮內(nèi)酯、冬凌草甲素和冬凌草乙素。
　　第三，精細(xì)對接。通過AutoDock軟件對以上19