中國閩浙地區(qū)香魚線粒體基因組分析及遺傳多樣性研究.pdf

1、目的： 分析閩浙地區(qū)香魚線粒體基因組，了解中國香魚的核外遺傳背景，并通過比較中日兩國香魚mtDNA序列，尋找兩者之間的遺傳差異，為香魚的進(jìn)化遺傳學(xué)、分子生態(tài)學(xué)、種群識別等提供理論基礎(chǔ)。 采用線粒體Cyt6基因和控制區(qū)序列作為分子標(biāo)記分析閩浙地區(qū)香魚的遺傳多樣性水平，旨在為香魚種質(zhì)資源保護(hù)和人工增殖放流提供科學(xué)依據(jù)。 方法： 1.隨機(jī)收集浙江和福建兩地的香魚樣本，并利用尾部肌肉組織進(jìn)行總DNA的提取。

2、 2.利用Oligo6.0軟件設(shè)計(jì)針對于香魚線粒體DNA全序列的引物，共24對；采用PCR技術(shù)擴(kuò)增香魚線粒體DNA片段。 3.擴(kuò)增的目的片段經(jīng)純化后，進(jìn)行序列測定，并確保測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。 4.利用生物軟件分析DNA序列，并將24段序列拼接組合，得到香魚mtDNA全序列，并對線粒體基因進(jìn)行分析。 5.采用ClustalX軟件對不同物種的線粒體蛋白序列進(jìn)行多序列比對，并分析蛋白的保守性。 6.利用RNAS

3、tructure3.7軟件預(yù)測tRNA二級結(jié)構(gòu)，并參考其它物種的tRNA二級結(jié)構(gòu)圖，對預(yù)測后的結(jié)構(gòu)進(jìn)行修改，最后推測出香魚的tRNA二級結(jié)構(gòu)。 7.利用比對軟件將中國香魚mtDNA全序列和日本香魚的mtDNA進(jìn)行比較，分析變異情況。 8.對Cyt6基因和控制區(qū)進(jìn)行序列分析，利用軟件計(jì)算序列堿基組成、遺傳多樣性指數(shù)等。 結(jié)果： 1.24個(gè)mtDNA片段的測序結(jié)果準(zhǔn)確可信，并成功拼接成完整的mtDNA全序列。

4、最后總共得到12條不一樣的mtDNA全序列。其中5條全序列已經(jīng)提交到GenBank，登陸號依次為EU124679-EU124683。 2.香魚線粒體基因組全長16542bp，基因排列順序和其他脊椎動(dòng)物的一樣。包括13個(gè)多肽基因，2個(gè)rRNA基因，22個(gè)tRNA基因以及一個(gè)非編碼區(qū)。 3.與日本香魚mtDNA全序列比對后發(fā)現(xiàn)，在總長16542bp的序列中，存在111變異位點(diǎn)。其中70個(gè)位點(diǎn)上存在固定的堿基變異，41個(gè)位點(diǎn)為

5、非固定變異。除了ATPase8基因外，其余12個(gè)蛋白基因均存在變異。 4.預(yù)測了22個(gè)tRNA的二級結(jié)構(gòu)。所有的tRNA的二級結(jié)構(gòu)都具有標(biāo)準(zhǔn)的三葉草型，除了tRNASer(AGY)。tRNASer(AGY)的二級結(jié)構(gòu)中，反密碼子臂比其它tRNA的短，只由3個(gè)堿基對組成。 5，Cyt6基因的核苷酸多樣性π為0.00028，平均核苷酸差異K為0.32258，單倍型多樣性Hd為0.32300?？刂茀^(qū)序列的π為0.00199，K

6、為1.70323，Hd為0.81075。 結(jié)論： 1.蛋白的多序列比對結(jié)果表明，Cyt6、細(xì)胞色素c氧化酶復(fù)合物亞單位的保守性比較高。而ATP合酶亞單位、NADH還原酶亞單位的保守性較低。 2.中國香魚和日本香魚已經(jīng)產(chǎn)生了一些遺傳差異。一些固定變異位點(diǎn)，可以作為區(qū)分日本香魚和中國香魚的分子標(biāo)記。 3.從閩浙地區(qū)香魚線粒體Cyt6基因和控制區(qū)序列得出的該地區(qū)香魚的遺傳多樣性水平很低。我們應(yīng)該加大對香魚的保護(hù)