可視化代謝數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本文總結(jié)了生物學(xué)數(shù)據(jù)集成研究的現(xiàn)狀,對代謝通路數(shù)據(jù)集成和自動模式匹配的集成方法做了深入的研究和探討,并結(jié)合兩者提出了一種全新的基于相似性推導(dǎo)的代謝通路數(shù)據(jù)集成方法。在此基礎(chǔ)上,采用了動態(tài)布局的可視化用戶界面,建立起一個完整的代謝通路數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)。
  (1)提出了一種基于相似性推導(dǎo)的代謝通路數(shù)據(jù)集成方法通過對代謝通路數(shù)據(jù)特點(diǎn)的分析,結(jié)合模式匹配研究中基于結(jié)構(gòu)水平的匹配方法,將Similarity Flooding算法應(yīng)用到代謝通路

2、數(shù)據(jù)構(gòu)成的有向圖上。通過對異構(gòu)數(shù)據(jù)庫間數(shù)據(jù)的相似度評估,為異構(gòu)代謝通路數(shù)據(jù)源的集成找到一條有效的途徑。
  (2)設(shè)計實(shí)現(xiàn)了一個代謝通路數(shù)據(jù)可視化系統(tǒng)該可視化系統(tǒng)采用動態(tài)布局的圖形界面,并引入著色機(jī)制和鄰居標(biāo)簽系統(tǒng),使用戶可以通過可視化界面方便的查詢、瀏覽數(shù)據(jù),并可以定制和修改個人的代謝通路數(shù)據(jù)庫,與公共數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析比對。
  (3)設(shè)計實(shí)現(xiàn)了一個代謝通路數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)本集成系統(tǒng)有以下特點(diǎn):(1)多種異構(gòu)的、自治的生物

3、數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為能直接加載到數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)庫中的DB4O數(shù)據(jù)文件,從而實(shí)現(xiàn)將各種數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)統(tǒng)一轉(zhuǎn)換為面向?qū)ο髷?shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)模式;(2)將各個數(shù)據(jù)源之間的交叉鏈接關(guān)系統(tǒng)一存儲在DBLink表中,通過該表可從當(dāng)前數(shù)據(jù)源的條目快速的查詢出與該條目具有特定關(guān)系的相同或不同數(shù)據(jù)庫中對應(yīng)條目;(3)通過對DBLink采用相似性推導(dǎo)算法,得到similarity數(shù)據(jù)庫表,得到數(shù)據(jù)庫中任意兩個ID之間的相似度值,從而在建立數(shù)據(jù)匹配關(guān)系時起到指導(dǎo)作用;(

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