高性能的MrBayes MC3 GPU算法研究.pdf_第1頁
已閱讀1頁，還剩71頁未讀， 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權(quán)說明：本文檔由用戶提供并上傳，收益歸屬內(nèi)容提供方，若內(nèi)容存在侵權(quán)，請進(jìn)行舉報或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡介

1、MrBayes是一個廣泛用于生物學(xué)系統(tǒng)發(fā)育推斷的程序，它采用Metropolis-偶聯(lián)馬爾可夫鏈蒙特卡羅(Metropolis-coupled Markov chain Monte Carlo，MC3)算法來估計系統(tǒng)發(fā)育樹的后驗概率。
　　新一代DNA測序的飛速發(fā)展大大提高了DNA序列的生產(chǎn)量，在顯著減少測序時間的同時，DNA數(shù)據(jù)的品質(zhì)也有了明顯的提升。然而對于生物學(xué)家來說，傳統(tǒng)MC3算法及其改進(jìn)的并行算法已經(jīng)不足以應(yīng)對如此大規(guī)模

2、的數(shù)據(jù)。圖形處理器(GPU)作為一種革新性的技術(shù)，近年來在科學(xué)計算領(lǐng)域備受關(guān)注。
　　本文在已有的GPU并行算法nMC3基礎(chǔ)上提出了高性能的優(yōu)化算法aMC3。首先，通過修改算法調(diào)度的策略，重組計算次序，改進(jìn)算法大大提高了馬爾可夫鏈的并發(fā)度。其次，根據(jù)硬件配置和DNA序列的長度動態(tài)調(diào)整計算任務(wù)的粒度，使得aMC3算法能夠充分地利用GPU的計算資源。最后，通過合理的任務(wù)劃分，改進(jìn)算法在異構(gòu)眾核集群上有很高的加速比和較好的伸縮性。

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明，都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等，如果需要附件，請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙，網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽，若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間，僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理，對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯，并不能對任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容，請與我們聯(lián)系，我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論