PBSK瀏覽器-四種XML格式的生物通路數(shù)據(jù)展示工具.pdf

1、近年來(lái)生物技術(shù)的高速發(fā)展使得各種生物學(xué)數(shù)據(jù)量迅速增加，其中最為突出的便是生物網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)大規(guī)模的產(chǎn)生，為了有效地對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行合理的保存、共享，產(chǎn)生了多種用于存儲(chǔ)生物通路數(shù)據(jù)的格式，其中用得最廣泛的是幾種XML格式，包括PSI-MI格式、BioPAX格式、SBML格式和KGML格式等。這些格式具有整合性能高、便于移植、計(jì)算機(jī)閱讀簡(jiǎn)單等優(yōu)點(diǎn)，在數(shù)據(jù)庫(kù)整合、可視化分析等多方面領(lǐng)域都有著重要的作用，但是同時(shí)也帶來(lái)一個(gè)問(wèn)題。由于它們是為計(jì)算機(jī)處理

2、所設(shè)計(jì)的格式，對(duì)于人工來(lái)說(shuō)變得較難理解，這給一些需要進(jìn)行人工篩選的數(shù)據(jù)在處理上帶來(lái)了麻煩。
　　 我們開(kāi)發(fā)的PBSK瀏覽器能夠?qū)⑦@四種XML格式的文件轉(zhuǎn)化為人工可讀形式，在不損失信息的前提下將文件中的所有數(shù)據(jù)完整的呈現(xiàn)出來(lái)。該瀏覽器主要采用前臺(tái)的AJAX讀取XML文件并在后臺(tái)的處理器中進(jìn)行轉(zhuǎn)化處理，最終將數(shù)據(jù)交回AJAX并將數(shù)據(jù)以表格的形式展示。該瀏覽器提供兩種顯示模式：統(tǒng)計(jì)模式主要用于文件的統(tǒng)計(jì)分析，而細(xì)節(jié)模式則展示詳細(xì)信息，