利用InDel和SSR整合大白菜分子遺傳圖譜.pdf

1、我國是白菜類作物的主要起源地。大白菜不僅是一種重要的經(jīng)濟作物，也是研究多倍體化和構(gòu)建分子遺傳連鎖圖譜的模式植物。多國的大白菜基因組測序計劃(BrGSP)在2003年啟動。近年來，關(guān)于白菜基因組測序工作陸續(xù)完成，但是基因的覆蓋程度并不完全，染色體中只標記了大約73.6％的錨定標記。因此，建立一個新的分子遺傳圖譜有著重要的研究意義。遺傳圖譜的構(gòu)建為重要農(nóng)藝性狀的基因定位(QTL)、標記輔助育種(MAS)、功能基因克隆和比較基因組學奠定基礎(chǔ)。

2、
　　 本研究是利用基于序列的InDel標記和SSR標記對大白菜遺傳圖譜進行合理優(yōu)化與整合，提高圖譜的“飽和度”，明確特定的標記在連鎖群的位置分布。
　　 本研究是以在種皮顏色、葉面茸毛、花色、抽薹性、抗病性等方面存在明顯差異的Y177-12和Y195-93為雙親，在其雜交后得到的F1代進行小孢子培養(yǎng)所得183個DH株系為試材。
　　 為了實驗的順利進行，利用DH雙親Y177-12和Y195-93對PCR反應體系

3、進行單因素試驗，對模板DNA用量、退火溫度、dNTPs濃度等7個因素進行優(yōu)化。結(jié)果表明，從穩(wěn)定性和經(jīng)濟性出發(fā)，最終確定了大白菜PCR擴增的最佳反應體系(20μL):模板DNA用量105ng、TaqDNA聚合酶0.4U、Mg2+濃度為1.5mmol/L、dNTPs濃度0.1mmol/L、引物濃度0.4μmol/L、三溫循環(huán)時間30s-30s-45s、退火溫度50℃。該體系適用于遺傳多樣性分析及遺傳圖譜的構(gòu)建。
　　 利用401對I

4、nDel引物和56對SSR引物對DH群體的雙親Y177-12和Y195-93進行多態(tài)性篩選，獲得有多態(tài)性的InDel引物44對、SSR引物11對。運用JoinMap4.0軟件，將篩選出的有多態(tài)的55對標記整合于本實驗室原有的基于SRAP、SSR和AFLP等多種標記構(gòu)建的大白菜分子遺傳圖譜，重新構(gòu)建分子遺傳圖譜。
　　 構(gòu)建出的遺傳圖譜總共有512個分子標記，其中包括139個SRAP標記、84個SSR標記、44個InDel標記、2

5、30個AFLP標記、6個STS標記、4個ESTP標記、3個形態(tài)標記、1個SCAR標記和1個CAPS標記。該圖譜含有10個連鎖群，被命名為A01-A10，總長度為1336cM，標記間平均圖距是2.60cM，每個連鎖群的標記數(shù)在27～76個之間，長度在106～176cM之間，平均圖距在2.08～4.41cM之間，偏分離標記比率為71.3％。新增標記在各連鎖群上的分布位置與參考圖中相應標記的位置基本一致，表明該圖譜的可靠性高。