基于BLAST算法的序列分析軟件開發(fā).pdf

1、生物信息學（Bioinformatics）發(fā)展至今，工作重心已經(jīng)從數(shù)據(jù)的積累轉(zhuǎn)移到數(shù)據(jù)的分析上，特別是應用于序列分析的軟件開發(fā)已經(jīng)成為一大熱點。隨著大量生物信息學軟件的開發(fā)與應用，生物學研究的效率得到了很大的提高。 生物信息學最基本的任務(wù)是序列分析，目前市面上流行的分析工具各有特色，運行會因不同的分析軟件而得到不同的結(jié)果，特別是序列比對所使用的算法參數(shù)在很大程度上直接影響分析結(jié)果。有時會由于采用了不合適的參數(shù)而丟失一些隱藏重要統(tǒng)

2、計學意義的重要信息，導致時間和精力的浪費。因此，序列比對算法的選擇很重要。 在研究了生物信息學的基礎(chǔ)知識、序列比對的算法、國內(nèi)生物信息學軟件軟件的發(fā)展現(xiàn)狀的前提下，本文在前人研究的基礎(chǔ)上，采用JAVA語言設(shè)計開發(fā)了一個專用于序列分析的生物信息學軟件，本軟件具有BLAST雙序列比對、氨基酸查找、序列統(tǒng)計、提取序列信息、文件格式轉(zhuǎn)換等主要功能，旨在為研究人員提供一個簡便、快捷的分析窗口，方便用戶進行序列比對，序列文件分析等操作。開發(fā)

3、出來的軟件能實現(xiàn)序列文件的相關(guān)分析，能從大量的序列信息中獲取基因結(jié)構(gòu)、功能和進化等知識，是一個界面友好、操作簡單、計算正確的實用軟件。 程序開發(fā)之前搭建一個良好的JAVA環(huán)境，包括JDK工具集的安裝和環(huán)境變量設(shè)置以及開發(fā)平臺MyEclipse 6.5的安裝設(shè)置等。軟件設(shè)計過程中，圍繞BLAST比對功能，逐個實現(xiàn)各模塊的功能，所有代碼均反復單獨調(diào)試和修改Bugs；同時，還注意了不同模塊之間的銜接性。軟件完成后，封裝成jar包，同樣