PDB中含9肽HLA-A-0201分子復(fù)合體結(jié)晶數(shù)據(jù)和結(jié)構(gòu)差異性分析.pdf

1、目的：了解HLA-A*0201(HLA-A2)分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)中蘊(yùn)藏的信息，為抗原肽與HLA-A2分子對(duì)接(Docking)提供約束規(guī)則和選擇對(duì)接后備選抗原肽構(gòu)象提供參考。方法：從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB中下載所有HLA-A分子的數(shù)據(jù)，然后利用VFP編程對(duì)HLA-A分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選，利用InsightⅡ軟件中的Biopolymer模塊對(duì)所得的HLA-A2分子進(jìn)行加氫。分析與抗原肽不同距離范圍內(nèi)HLA-A2分子上的氨基酸殘基接觸頻次，以及對(duì)

2、抗原肽Cα間的距離進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。比較TCR存在與否，對(duì)識(shí)別相同抗原肽序列的HLA-A2分子的結(jié)合凹槽間的原子坐標(biāo)均方根偏差(RMSD)、抗原肽的RMSD。比較結(jié)合不同抗原肽的HLA-A2結(jié)合凹槽間的RMSD。利用NCBI-Blastp和ClustalX分析，識(shí)別抗原肽序列相同及僅有個(gè)別殘基不同的T細(xì)胞抗原受體(TCR)的互補(bǔ)決定區(qū)3(CDR3)序列間的差異。結(jié)果：1)篩選到26個(gè)帶9肽的HLA-A*0201分子。2)抗原肽結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)兩端錨著殘

3、基插入HLA分子抗原結(jié)合凹槽的袋中，中間隆起，且第2位主要為疏水殘基Leu或Ile(25/26)，第9位一般為L(zhǎng)eu或Val(25/26)。3)抗原肽第1肽位(position1，P1)、P2、P3與HLA形成氫鍵數(shù)相當(dāng)，分別為82、80、86(HLA-A2分子復(fù)合體中1個(gè)為四聚體，15個(gè)為兩聚體，10個(gè)為單體)，且它們與HLA接觸較其它位點(diǎn)緊密。4)抗原肽上部分Cα間距離呈正態(tài)分布。5)在距抗原肽0.25nm內(nèi)，接觸頻次高于90％的H

4、LA氨基酸殘基有：Tyr7、Glu63、Lys66、His70、Thr73、Ser77、Leu81、Tyr99、Thr143、Trp147和Tyr171。6)結(jié)合TCR的HLA結(jié)合凹槽間的RMSD與未結(jié)合者之間比較，有顯著性差異(P＜0.001)；結(jié)合不同抗原肽的HLA結(jié)合凹槽間的RMSD值與結(jié)合相同抗原肽者比較，無(wú)顯著性差異(P＞0.05)。7)識(shí)別相同抗原肽的TCR可變區(qū)CDR3也存在差異。結(jié)論：1)HLA-A2分子遞呈的抗原肽在結(jié)