基于甘藍型油菜基因組重測序開發(fā)InDel標記.pdf

1、近年來，隨著高通量測序技術的發(fā)展，分子標記開發(fā)技術也得到了迅猛地發(fā)展。利用高通量技術開發(fā)基于PCR技術、操作簡單、應用價值大的分子標記，可為控制油菜重要農藝性狀的基因定位和分子標記輔助選擇育種奠定基礎。本研究基于22個甘藍型油菜（Brassicanapus）自交系基因組重測序數(shù)據(jù)，以白菜（Brassicarapa）和甘藍（Brassicaoleracea）的基因組為參考序列分析甘藍型油菜基因組內的InDel(Insertion/Dele

2、tion)變異位點，并進一步分析了這些InDel變異位點在全基因組的分布特點。根據(jù)序列比對的結果，挑選了唯一比對的InDel位點設計引物595對，利用23個甘藍型油菜自交系檢測InDel標記的多態(tài)性。主要結果如下:
　　1.對22個甘藍型油菜自交系重測序，共得到約351.2Gb的數(shù)據(jù)，測序平均覆蓋度最高的為32倍，最低為9.9倍，平均為14.5倍。通過bwa(Burr-ows-WheelerAligner)軟件(v0.7.0)將測

3、序得到的甘藍型油菜基因組序列和白菜及甘藍的參考基因組比對，每個品種平均有9.4Gb的Paired-endreads兩端都能比對到參考基因組，平均成功比對率為58.9％，成功比對率最高的為66.9％，最低的為46.0％。
　　2.在甘藍型油菜全基因組內共檢測到353，063個InDel變異位點，其中A基因組每100Kb有87.3個，C基因組每100Kb有33個。InDel的長度范圍為1-56bp，其中InDel長度為1-5bp的有3

4、13，027個(88.7％)，InDel大小在6-56bp的只有40，036(11.3％)。
　　3.結合白菜和甘藍的基因組注釋信息對353，063個InDel變異位點進行分析，發(fā)現(xiàn)95，789(27.1％)個InDel位于已注釋的基因中，其中10，967(3.1％)個InDel位于外顯子區(qū)，84，822(24.0％)個InDel位于內含子區(qū)，其余的257，274(72.9％)個InDel位于基因間隔序列。
　　4.利用23

5、個甘藍型油菜自交系對合成的595個InDel標記進行多態(tài)性檢測，共有592個(99.5％)成功擴增，僅有3個(0.5％)沒有成功擴增;其中，成功擴增的592個中有530個(89.1％)只擴增出單一條帶，62個(10.4％)擴增出多條帶;530個單位點標記中，有523個(87.9％)在至少兩個品種中有多態(tài)性，7個(1.2％)沒有多態(tài)性;523(87.9％)個有多態(tài)性標記中有461個共顯性標記。將416個具有兩等位基因的單位點標記基因型和軟