條斑紫菜功能基因組及重復序列特征研究.pdf

1、中國海洋大學博士學位論文條斑紫菜功能基因組及重復序列特征研究姓名：楊惠申請學位級別：博士專業(yè)：生物化學與分子生物學指導教師：楊官品；茅云翔201106snRNA和snoRNA共計35，967條，保守的microRNA有3條，剩下的序列(947％)均沒有注釋。利用條斑紫菜的GSS數(shù)據(jù)進行miRNA前體預測，共找到8條符合前體標準的新類型miRNA，靶基因預測結(jié)果表明，其中6條miRNA參與調(diào)控10個靶基因的表達，而這些靶基因絕大部分參與生

2、物代謝、物質(zhì)轉(zhuǎn)運及信號轉(zhuǎn)導過程。(3)通過對基因組序列和轉(zhuǎn)錄序列中的重復序列進行篩查和比較分析發(fā)現(xiàn)：在條斑紫菜中，小衛(wèi)星重復總長占基因組不到2％，拷貝數(shù)較低，以四堿基組成類型最為豐富，且明顯富含GC?；蚪M序列中的小衛(wèi)星與轉(zhuǎn)錄序列中的小衛(wèi)星相比在拷貝數(shù)、數(shù)量及長度比例上均略低。微衛(wèi)星序列在基因組中的長度比例不到04％，拷貝數(shù)主要分布在9次以下，以三堿基重復類型最為豐富，五堿基重復類型最少，CCG是最為豐富的基序。基因組序列中的微衛(wèi)星與轉(zhuǎn)

3、錄序列中的微衛(wèi)星相比，出現(xiàn)頻率低，長度比例高。在條斑紫菜中，散布重復序列均由RNA轉(zhuǎn)座子和DNA轉(zhuǎn)座子組成，且前者比例遠高于后者。RNA轉(zhuǎn)座子中LTR數(shù)目最多，LINE次之，SINE最少。在所有轉(zhuǎn)座元件中gypsy數(shù)目最多?；蚪M序列中的轉(zhuǎn)座元件與轉(zhuǎn)錄序列中的相比，出現(xiàn)頻率高，長度比例也高。總之，條斑紫菜基因組序列中的重復序列總長度比例約為65％，明顯高于轉(zhuǎn)錄序列中的相應比例，而出現(xiàn)頻率卻相對較低。(4)首次通過富集篩庫法，獲得24對條

4、斑紫菜微衛(wèi)星引物。利用其中12對引物對青島匯泉灣野生群體進行微衛(wèi)星位點評估，共獲得29個等位基因，平均每個位點的等位基因數(shù)目為242，有效等位基因數(shù)目為181。利用24對引物分析11個不同地域來源的條斑紫菜絲狀體，聚類結(jié)果顯示這11個個體根據(jù)地域的差別被明顯地分為兩支。利用微衛(wèi)星標記分析單個葉片的擴增條帶，發(fā)現(xiàn)同一位點兩條不同帶型的序列差別在于微衛(wèi)星重復次數(shù)的不同。利用數(shù)據(jù)庫搜索法和富集文庫法，分別得到9對和14對有較好擴增譜帶的壇紫菜