陸地棉TM-1BAC文庫及12和26號染色體初步物理圖譜的構(gòu)建.pdf

1、細(xì)菌人工染色體(BAC)是一種承載DNA大片段的克隆載體系統(tǒng)，可用于人、動物和植物基因組文庫的構(gòu)建。BAC具有插入片斷大、嵌合率低、遺傳穩(wěn)定性好、易于操作等優(yōu)點。BAC文庫的構(gòu)建是棉花基因組學(xué)研究的重要基礎(chǔ)。
　　 利用建立的高效BAC文庫構(gòu)建技術(shù)體系，以pIndigoBAC-5為載體，選用陸地棉遺傳標(biāo)準(zhǔn)系TM-1為材料，構(gòu)建了Bam H I酶切位點的基因組BAC文庫，該文庫共有147，456個單克隆，保存于384塊384孔中。

2、隨機(jī)挑取120單克隆，用NotI酶切，插入片段范圍為90～300 kb，平均插入片段為150kb；空載率＜1％；按棉花基因組大小為2425Mb計算，此文庫相當(dāng)于9.12倍的單倍棉花基因組大小。同樣，為了便于通過PCR技術(shù)對文庫進(jìn)行篩選，構(gòu)建了該文庫的混合池。Column-Pool庫保存于16塊384孔板中，每孔由24個單克隆混合而成，標(biāo)號為CP1-CP16。Super-pool保存于1塊384孔板中，每孔由384(24×16)個單克隆混

3、合，共384個。Giant-pool由Super-pool混合而成，共96個，每孔由1536(24×16×4)個單克隆混合而成。因此文庫中篩選一個陽性單克隆大約需要140個PCR反應(yīng)。
　　 陸地棉12號及26號染色體系部分同源染色體。目前一些重要的與農(nóng)藝性狀相關(guān)基因已定位在這兩條染色體上。為了圖位克隆這些基因，需要構(gòu)建這兩條染色體的物理圖譜。本文在胡艷(2008)研究基礎(chǔ)之上，用兩條染色體新增的分子標(biāo)記對BAC文庫進(jìn)行補充篩選