topos4.0軟件分析mofs拓?fù)鋵?shí)例

1、Topos4.0軟件分析MOFs拓?fù)鋵?shí)例王飛福建物構(gòu)所張健課題組2012.06.15,主要內(nèi)容,Topos4.0軟件下載官方網(wǎng)站：http://www.topos.ssu.samara.ru/軟件使用前檢查及主要功能簡介Topos4.0分析MOFs拓?fù)鋵?shí)例,Topos4.0軟件下載,可以直接在http://www.topos.ssu.samara.ru 網(wǎng)站上免費(fèi)注冊(cè)下載。除主程序之外，網(wǎng)站還提供說明幫助文件以及使用

2、教程。為方便大家使用，網(wǎng)站把主程序和ttd，tto等文件集成在一起，制作成kit文件。我們只需要下載kit文件，解壓即可使用。,Topos4.0軟件官方網(wǎng)站：http://www.topos.ssu.samara.ru/,,Kit文件下載,,軟件使用檢查,主要功能簡介,IsoCryst,Dirichlet,AutoCN,HSite,DiAn (Distances and Angles),IsoTest,ADS,,主要功能簡介,,分析

3、MOFs拓?fù)鋵?shí)例,以ZIF-8 為例，演示topos4.0軟件分析MOF拓?fù)漕愋偷木唧w流程多核金屬和簇單元處理斷鍵型分子篩-LTA 拓?fù)浞治?具體流程,.cif 文件導(dǎo)入，生成.cmp文件；運(yùn)行“IsoCryst”，點(diǎn)擊圖標(biāo)， 查看分析結(jié)構(gòu)；運(yùn)行“autoCN”，點(diǎn)擊圖標(biāo)， 分析配位數(shù)；運(yùn)行“ADS”，點(diǎn)擊圖標(biāo)， 分析結(jié)果。,Zif-8為例分析MOFs拓?fù)涞木唧w流程,雙擊此代碼

4、，查看ZIF-8的一些信息。,運(yùn)行“IsoCryst”,,運(yùn)行auto CN,,,,運(yùn)行“ADS”,,,多核金屬和簇單元處理-配位鍵弱化成氫鍵,Zhong min Su, CrystEngComm. 2012, DOI: 10.1039/c0xx00000x,Import .cif,IsoCryst,AutoCN,IsoCryst,ADS,,,,Simplify adjacent matrix,ADS,斷鍵型分子篩-LTA 拓?fù)浞治?/p>

5、,Hai-Xia Zhang, Jian Zhang*, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (31), 11884–11887,Import，IsoCryst,AutoCN,Simplify adjacent matrix,IsoCryst,ADS,Isocryst,ADS,Export,diamond,AutoCN,ADS,,小結(jié),Topos4.0功能強(qiáng)大。除分析拓?fù)渫猓?作圖（isocryst）；

6、 分析tilings， 產(chǎn)生3dt軟件的輸入文件； 導(dǎo)出各種不同格式文件，cif文件可用于diamond作圖， systre.cgd文件可用于systre 軟件的輸入文件；等等。對(duì)簡單的化合物，智能化程度較高，如ZIF-8，全部按照默認(rèn)操作進(jìn)行即可。不具備糾錯(cuò)功能。分析拓?fù)涞哪康脑谟诤喕阌诮Y(jié)構(gòu)描述和他人的認(rèn)知，單純的new topology 沒有任何意義。對(duì)同一結(jié)構(gòu)，不同的人進(jìn)行分析可能會(huì)得到不同的結(jié)果，