廣泛耐藥結(jié)核分枝桿菌全基因組分析及耐多藥候選新基因的篩選.pdf

1、目的：采用高通量全基因組測(cè)序分析廣泛耐藥結(jié)核分枝桿菌(XDR-TB)臨床株，以篩選結(jié)核分枝桿菌耐多藥候選新基因,并推測(cè)其功能與耐多藥的關(guān)系。
　　方法：選取兩株廣泛耐藥結(jié)核分枝桿菌的臨床分離株,高通量全基因組測(cè)序后與H37Rv標(biāo)準(zhǔn)菌株對(duì)比，篩選出非同義單核苷酸多態(tài)性(Nonsyn-SNPs)，比對(duì)已知耐藥基因及大數(shù)據(jù)研究篩選的耐藥新基因。Polyphen2預(yù)測(cè)研究未闡述的突變點(diǎn)對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響，篩選出可能影響蛋白質(zhì)功能的耐藥候選

2、新基因并設(shè)計(jì)引物，對(duì)多個(gè)臨床樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增并測(cè)序。使用STITCH蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫推測(cè)耐多藥候選新基因功能與已知的耐藥基因和耐多藥之間的關(guān)系。
　　結(jié)果：兩株廣泛耐藥結(jié)核分枝桿菌分別有2237和2110突變點(diǎn)，主要集中在4個(gè)蛋白質(zhì)功能組,包括細(xì)胞壁及細(xì)胞代謝過程、中間代謝途徑及呼吸過程、保守假設(shè)蛋白和PE/PPE蛋白家族,DNA修復(fù)途徑中也存在突變。兩株XDR-TB全基因組序列已被美國基因庫GenBank收錄(收錄號(hào)CP00910

3、0和CP009101)。兩例臨床分離株中有626個(gè) Nonsyn-SNPs是共有的，其中包括已知耐藥基因突變位點(diǎn)，另有342個(gè)共有的Nonsyn-SNPs在相關(guān)文獻(xiàn)中未見報(bào)道。Polyphen2軟件推測(cè)342個(gè)Nonsyn-SNPs可能對(duì)蛋白質(zhì)功能有影響，并篩選出17個(gè)耐多藥候選新基因。挑選軟件評(píng)分高的4個(gè)基因?qū)?例MDR-TB及XDR-TB臨床樣本進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)果顯示這4個(gè)基因在這7例臨床樣本中存在較高的突變率。STITCH蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫