基于殘基相似性和位置差異的密碼子置換模型及其應(yīng)用.pdf

1、生物信息學(xué)是一門(mén)新興交叉學(xué)科，其研究涉及到數(shù)學(xué)、生物學(xué)和計(jì)算機(jī)等學(xué)科的知識(shí).系統(tǒng)發(fā)生分析作為生物信息學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容之一，主要是利用概率統(tǒng)計(jì)方法對(duì)生物進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行推斷和評(píng)估.在系統(tǒng)發(fā)生分析中常以概率置換模型來(lái)描述生物數(shù)據(jù)單元的進(jìn)化過(guò)程.最初，概率置換模型是以核苷酸或氨基酸為數(shù)據(jù)分類(lèi)單元的.20世紀(jì)90年代以來(lái)，結(jié)合核苷酸替換信息的密碼子置換模型受到了越來(lái)越多的學(xué)者的關(guān)注，并得到了廣泛的應(yīng)用.
　　本文主要研究了考慮氨基酸相似性和密

2、碼子三個(gè)位置差異的密碼子置換模型.考慮到將氨基酸的信息融入到置換模型中的可行性，本文第二章提出了兩個(gè)基于氨基酸相似性的密碼子置換模型，第一個(gè)模型考慮密碼子中單個(gè)核酸位置的相繼置換，第二個(gè)模型進(jìn)一步包含了在一個(gè)密碼子中三個(gè)核苷酸位置發(fā)生多于一個(gè)置換的情況.我們利用連續(xù)時(shí)間的馬爾可夫過(guò)程來(lái)描述密碼子間的置換，通過(guò)極大似然法對(duì)模型的參數(shù)進(jìn)行估計(jì)，最后將新模型應(yīng)用到三個(gè)真實(shí)的數(shù)據(jù)集，并與原有模型進(jìn)行比較來(lái)分析新模型對(duì)數(shù)據(jù)的適應(yīng)性.結(jié)果表明新模型