渤海沉積物反硝化細(xì)菌nirS功能基因的多樣性研究.pdf_第1頁(yè)
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文檔簡(jiǎn)介

1、本文對(duì)渤海沉積物反硝化細(xì)菌nirS功能基因的多樣性進(jìn)行了研究。為了解渤海反硝化細(xì)菌群落的結(jié)構(gòu)與分布情況,以功能基因nirS為分子標(biāo)記構(gòu)建渤海沉積物中反硝化細(xì)菌的基因文庫(kù),再結(jié)合渤海沉積物間隙水的環(huán)境因子來(lái)研究。渤海6個(gè)站位總共篩選了524個(gè)nirS基因的有效克隆,每個(gè)站位根據(jù)DNA酶切帶型劃分的OTUs的種類數(shù)也在50～65之間,最相似序列的相似度在71％～100％之間,顯示了較高的物種多樣性;使用軟件DOTUR分析后共得到94個(gè)OTU

2、s(AA5％cutoff),利用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中86個(gè)最相似的氨基酸序列作為參考序列,用PHYLIP(version3.69)軟件包構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),包括長(zhǎng)江口和東海海域、膠州灣、海河、珠江、養(yǎng)殖水體、太平洋海域、森林土壤濕地、沿海的含水層和沿海沉積物的nirS序列;將其劃分為兩個(gè)大簇,第一簇分為4個(gè)亞簇;對(duì)渤海各站位進(jìn)行UniFrac聚類分析,包括Cluster Environments、Jackknife Cluster和PCoA聚類

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