基于線粒體Cytb基因的皖南和大別山區(qū)尖頭鱥種群的遺傳變異.pdf

1、本文以皖南山區(qū)及大別山區(qū)的尖頭鱥(Rhynchocypris oxycephalus)種群為研究對(duì)象，利用線粒體DNA的Cytb基因序列首先分析了來(lái)自皖南山區(qū)的秋浦河、青弋江、長(zhǎng)江、新安江和大別山區(qū)的淠河、皖河共6個(gè)流域、15個(gè)種群252尾尖頭鱥種群的遺傳多樣性及其遺傳分布格局，探討其種群歷史動(dòng)態(tài)及演化歷史。其次，對(duì)來(lái)自秋浦河136個(gè)個(gè)體8個(gè)種群的尖頭鱥進(jìn)行遺傳特點(diǎn)分析以及所測(cè)得樣本的遺傳距離與地理距離之間的關(guān)系。
　　本研究主要

2、內(nèi)容包括：⑴在流域間空間尺度上，通過(guò)對(duì)來(lái)自皖南山區(qū)的秋浦河、青弋江、長(zhǎng)江、新安江以及大別山區(qū)的淠河、皖河共6個(gè)流域、15個(gè)種群、252尾尖頭鱥標(biāo)本進(jìn)行線粒體Cytb基因序列(1022bp)分析，發(fā)現(xiàn)：序列變異位點(diǎn)180個(gè)，占17.6％，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)(170個(gè)，占16.6%。所有樣品共檢測(cè)到25個(gè)單倍型，整體的單倍型多樣性(h)和核苷酸多樣性(pi)分別是0.904±0.008和0.04245±0.00098，其中5個(gè)群體的單倍型多樣性和

3、核苷酸多樣性為0。相關(guān)性分析結(jié)果顯示尖頭鱥各地理種群間的遺傳分化與地理距離未呈現(xiàn)顯著的相關(guān)性。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析結(jié)果顯示該區(qū)域內(nèi)的尖頭鱥種群可劃分為4個(gè)不同的譜系，而分子變異分析(AMOVA)也顯示各地理種群存在明顯的遺傳分化格局。基于BEAST v1.8.0估算出皖南山區(qū)和大別山區(qū)尖頭鱥種群的最近共同祖先存在于更新世晚期的0.042 Mya。核苷酸錯(cuò)配分布及Tajima's D和 Fu's Fs中性檢驗(yàn)顯示，大約在0.147-2.372

4、Mya，研究區(qū)域內(nèi)的部分群體和譜系經(jīng)歷了群體擴(kuò)張事件。上述結(jié)果表明，研究區(qū)域內(nèi)尖頭鱥種群所呈現(xiàn)出的遺傳分化格局，主要與最近一次冰期-間冰期(第四紀(jì)時(shí)期)的氣候劇烈變化有關(guān)，而造山運(yùn)動(dòng)、水系重組等地質(zhì)事件的影響較小。⑵在流域內(nèi)空間尺度上，以皖南山區(qū)的秋浦河流域?yàn)檠芯繀^(qū)域，對(duì)該流域的8個(gè)尖頭鱥種群、136尾尖頭鱥標(biāo)本的線粒體Cytb基因序列(1108bp)進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)：序列變異位點(diǎn)84個(gè)，占7.6%，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)12個(gè)，占1.1%。所有

5、樣品共檢測(cè)到23個(gè)單倍型，總體種群的平均單倍型多樣性和核苷酸多樣性分別為h=0.735±0.038，pi=0.02290±0.00173。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示所有尖頭鱥樣本可劃分為2個(gè)明顯的譜系。分子變異分析(AMOVA)結(jié)果表明，把尖頭鱥種群按進(jìn)化譜系來(lái)劃分是最適合的地理細(xì)分，其遺傳分布格局明顯。核苷酸錯(cuò)配分布及Tajima’s D和 Fu’s Fs中性檢驗(yàn)表明大部分群體并沒(méi)有經(jīng)歷過(guò)近期擴(kuò)張。相關(guān)性分析結(jié)果顯示，秋浦河尖頭鱥不同地理群體的遺