matlab軟件課程設(shè)計(jì)---matlab實(shí)現(xiàn)dna序列的分類(lèi)識(shí)別

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文檔簡(jiǎn)介

1、　　《數(shù)學(xué)軟件實(shí)踐》　　課程設(shè)計(jì)報(bào)告　　題目：MATLAB實(shí)現(xiàn)DNA序列的分類(lèi)識(shí)別　　學(xué) 號(hào)：　　姓名：<

2、/b>　　教師　　日期：　　不要?jiǎng)h除分節(jié)符，此行不會(huì)被打印。　　不要?jiǎng)h除分節(jié)符，此行不會(huì)被打印　　論文題目</b&g

3、t;　　論文題目1　　摘要2　　1 問(wèn)題重述3　　2 問(wèn)題分析3&

4、lt;b>　　3 模型假設(shè)3　　4 符號(hào)說(shuō)明4　　5 模型的建立與求解4　　5.1 問(wèn)題一的模型5　　5.1.1 模型建立6　　模型I6

5、　　5.1.2 模型求解6　　5.2 問(wèn)題二的模型6　　5.2.1 模型建立7　　模型II7　　5.2.2 模型求解7

6、　5.3 問(wèn)題三的模型7　　5.3.1 模型建立7　　模型III7　　5.3.2 模型求解 ……7　　6 模型的評(píng)價(jià)與改進(jìn)7　　附錄9&

7、lt;/p>　　A.1 附錄描述19　　A.2 附錄描述29　　A.3 附錄描述39　　摘要　　序列矩陣　　首先調(diào)用

8、函數(shù)，將文檔中的字符讀入到中，將其中不是的字符用來(lái)替換，存到矩陣中。　　給定序列，，分別表示序列的前()個(gè)元素中出現(xiàn)的次數(shù).編寫(xiě)函數(shù)計(jì)算出序列每一行的。　　根據(jù)定義的歐幾里得距離矩陣，為了求解方便,寫(xiě)編寫(xiě)一個(gè)函數(shù)，求出四個(gè)矩陣，然后編寫(xiě)函數(shù)，便可以求出對(duì)應(yīng)的。　　根據(jù)定義的路徑距離矩陣，編寫(xiě)函數(shù)，根據(jù)不同的，求

9、出不同的。　　根據(jù)定義的商矩陣，編寫(xiě)函數(shù)，由(b)和(c)求出的和計(jì)算出對(duì)應(yīng)的。　　根據(jù)定義的商矩陣，編寫(xiě)函數(shù)，由(b)求出的計(jì)算出對(duì)應(yīng)的。　　最大特征矩陣　　對(duì)于給定的序列，令,其中分別表示矩陣的標(biāo)準(zhǔn)化()的最大特征根。將求得的結(jié)

10、果放于矩陣中。　　調(diào)用給定程序作出序列的聚類(lèi)樹(shù)圖　　可以根據(jù)給定的程序，對(duì)于分別作圖。　　MATLAB的一些基礎(chǔ)知識(shí)　　關(guān)鍵字：序列、最大特征根、聚類(lèi)樹(shù)圖、MATLAB基礎(chǔ)知識(shí)　　1 問(wèn)題重述

11、　　題目給的是關(guān)于序列的問(wèn)題,首先給出一個(gè)文檔，是構(gòu)成序列的字符，但其中有不是的字符，要求將文檔中的所有字符序列讀入到矩陣中，并將其中不是的字符用中的任意一個(gè)換掉，得到正確的矩陣。然后分別計(jì)算矩陣 (例如表示前個(gè)字符中含有的的個(gè)數(shù))。再根據(jù)四個(gè)矩陣不同的輸入順序求出6個(gè)不同的矩陣，對(duì)每個(gè)矩陣，可以求出對(duì)應(yīng)的,再由求出對(duì)應(yīng)的。對(duì)每個(gè)矩陣，也可以求出對(duì)應(yīng)的矩陣。<p&g

12、t;　　假設(shè)輸入序列的第一行，求出6個(gè)不同的后，每個(gè)矩陣可以求得一個(gè)最大特征根，這樣6個(gè)有6個(gè)最大特征根，放于矩陣 (為24*6的矩陣)的第一行中，6個(gè)有6個(gè)最大特征根，放于矩陣 (為24*6的矩陣)的第一行中，6個(gè)有6個(gè)最大特征根，放于矩陣 (為24*6的矩陣)的第一行中。當(dāng)把序列的24行遍歷完，三個(gè)矩陣便賦值完成。　　提示中給了畫(huà)序列的聚類(lèi)樹(shù)圖的程序，調(diào)用此程序，便可完成3個(gè)圖的繪制。<

13、;/p>　　2 問(wèn)題分析　　首先調(diào)用函數(shù)，將文檔中的字符讀入到矩陣中，將其中不是的字符用來(lái)替換。編寫(xiě)函數(shù)計(jì)算出序列每一行的。根據(jù)定義的歐幾里得距離矩陣,為了求解方便,先由函數(shù)，求出四個(gè)矩陣，然后由函數(shù)，便可以求出對(duì)應(yīng)的。根據(jù)定義的路徑距離矩陣，由函數(shù)，根據(jù)不同的，求出不同的。根據(jù)定義的商矩陣，由函數(shù)和求出的和計(jì)算出對(duì)應(yīng)的。根據(jù)定義

14、的商矩陣，由函數(shù)求出的計(jì)算出對(duì)應(yīng)的。　　編寫(xiě)函數(shù)，假設(shè)輸入DNA序列的第一行，求出6個(gè)不同的后，每個(gè)矩陣對(duì)應(yīng)一個(gè)最大特征根，6個(gè)的6個(gè)最大特征根放于矩陣的第一行中，6個(gè)的6個(gè)最大特征根放于矩陣的第一行中，6個(gè)的6個(gè)最大特征根放于矩陣的第一行中。遍歷完序列的24行，得到三個(gè)最大特征根矩陣。　　由提示中給定的畫(huà)序列聚類(lèi)樹(shù)圖的程序畫(huà)出對(duì)應(yīng)的聚類(lèi)樹(shù)圖。</

15、p>　　3 模型假設(shè)　　假設(shè)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)足夠準(zhǔn)確。　　假設(shè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程中不存在儀器誤差。　　假設(shè)提示中給的程序完整且正確。　　4 符號(hào)說(shuō)明<p&g

16、t;　　表 1　　5 模型的建立與求解　　5.1 問(wèn)題一的模型　　讀取數(shù)據(jù)到矩陣中，并將其中不是的字符用替換掉，得到處理過(guò)的矩陣。并根據(jù)輸入的序列的每一行，計(jì)算出4個(gè)矩陣。　　5.1.1 模型建立<p&g

17、t;　　首先，文檔中的數(shù)據(jù)未經(jīng)過(guò)處理，必須編寫(xiě)一個(gè)函數(shù)，將中的所有字符讀入到工作空間中，其中共有24個(gè)序列，每一個(gè)序列都以開(kāi)始，此時(shí)函數(shù)中要有判斷語(yǔ)句，如果遇到就將它的下一行序列讀入到矩陣中，讀入完成以后，要運(yùn)用一段程序，判斷其中的字符若不是，就用替換。　　這樣就很清楚的得到了序列矩陣。　　提示中給定的,分別表示序列的前()個(gè)元素中出現(xiàn)的次數(shù)。編寫(xiě)函數(shù)，

18、根據(jù)中某一行的輸入，得出需要的矩陣。　　模型I 　　讀取部分：　　P=importdata('TF24.txt'); %讀取TF中的數(shù)據(jù)到a中，P是cell類(lèi)型的列向量 <b

19、>　　判斷部分：　　for i=1:m　　if double(Q{i}(1))==62　　A(j)=i; %A數(shù)組存放的的是首字符為'>'的行數(shù)　　j=j+1;<

20、/b>　　end　　end　　取數(shù)據(jù)部分：　　for i=1:n　　DN

21、A{i}=cell2mat((Q(A(i)+1:A(i+1)-1))');%將介于兩個(gè)'>'之間的段取出，然后轉(zhuǎn)置，然后分開(kāi)成單個(gè)字符，放于cell的第一個(gè)中　　end　　替換非正常數(shù)據(jù)部分：　　if DNA{i}(j)~='A'

22、&&DNA{i}(j)~='T'&&DNA{i}(j)~='G'&&DNA{i}(j)~='C'　　disp('此處有一個(gè)字符不是ATGC');　　DNA{i}(j)='A';　　dis

23、p('轉(zhuǎn)換完成！');　　end　　5.1.2 模型求解　　部分結(jié)果展示　　圖表 1 矩陣　　圖

24、表 2 輸入的第一行后得出的矩陣的部分結(jié)果　　5.2 問(wèn)題二的模型　　要求解的最大特征根矩陣，首先要把求解出來(lái)，而在求解時(shí)，涉及到這6個(gè)，而在求解它們是還有這4個(gè)矩陣，的不同只是因?yàn)檩斎腠樞虻牟煌a(chǎn)生的。所以先設(shè)計(jì)函數(shù)把求解出來(lái)。再由函數(shù)求解不同的，根據(jù)求解出來(lái)的，解相應(yīng)的就變得簡(jiǎn)單多了。取出其中的及其對(duì)應(yīng)的，分別求它們的最大特征根矩陣，放到三

25、個(gè)數(shù)組中，再根據(jù)給定的作圖程序，做出序列的聚類(lèi)樹(shù)圖。　　5.2.1 模型建立　　為了求解方便,寫(xiě)編寫(xiě)一個(gè)函數(shù)，兩層for循環(huán)遍歷求出。　　由函數(shù)，其中輸入4個(gè)形參，便可以求出對(duì)應(yīng)的。由函數(shù)，根據(jù)不同的，求出不同的，我們注意到，是對(duì)稱(chēng)矩陣，為了減少運(yùn)算量，只求取的上三角矩陣便可。<p&

26、gt;　　由函數(shù)，由于已經(jīng)求出和，便可計(jì)算出對(duì)應(yīng)的。此時(shí)求解中注意到有除法運(yùn)算，而且最后對(duì)角線上全是0。為了避免除數(shù)為0的情況，將對(duì)角陣的值全部變?yōu)?，運(yùn)算完成以后再將對(duì)角線賦值為0即可。　　由函數(shù)，根據(jù)求出的計(jì)算出對(duì)應(yīng)的，只需要一個(gè)判斷即可。　　由函數(shù)，求解的最大特征根矩陣，將求得的結(jié)果放于矩陣中。MATLAB有自帶的求最大特征根的函數(shù)，</p&

27、gt;　　只是它會(huì)求解出一列數(shù)據(jù)，用函數(shù)取出最大的即可。的最大特征根求解中，只需要把需要的6個(gè)參數(shù)換成相應(yīng)的，即可。　　調(diào)用給定程序作出序列的聚類(lèi)樹(shù)圖，調(diào)用過(guò)程中，變化的只是特征根矩陣。　　模型II　　for i=1:n</b&g

28、t;　　for j=1:n　　Aij(i,j)=A(j)-A(i);　　Tij(i,j)=T(j)-T(i);　　Gij(i,j)=G(j)-G(i);　　Cij(i,j)=C(j)-C(i)

29、;　　end　　end　　function ED=I_ED(x,y,z,w) %x y z w是Aij,Tij.Gij,Cij中的一個(gè)　　ED=sqrt((x-2*y).^2+(z-2*w).^2

30、);　　function EP=I_EP(ED,PD)　　n=length(PD);　　for i=1:n　　PD(i,i)=1;　　end</p&

31、gt;　　EP=ED./PD;　　for i=1:n　　EP(i,i)=0;　　end　　function EG=I_EG(ED)

32、　　n=length(ED);　　EG=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　if i~=j<p&g

33、t;　　EG(i,j)=ED(i,j)/abs(i-j);　　else　　EG(i,j)=0;　　end　　end&

34、lt;b>　　end　　function y=I_EGa1(ED1,ED2,ED3,ED4,ED5,ED6)　　N=length(ED1);　　y(1)=max(eigs(ED1)/N);　　y(2)=max(eigs(ED2)/N);</

35、p>　　y(3)=max(eigs(ED3)/N);　　y(4)=max(eigs(ED4)/N);　　y(5)=max(eigs(ED5)/N);　　y(6)=max(eigs(ED6)/N);　　EGe=zeros(24);</p&g

36、t;　　for i=1:24　　for j=i+1:24　　EGe(i,j)=norm(EGa1(i,:)-EGa1(j,:));　　EGe(j,i)=EGe(i,j); 　　end<

37、;p>　　end　　EGe0=pdist(EGe,'euclidean'); % Pairwise distance　　EGtree=linkage(EGe0); % Create hierarchical cluster tree

38、　　EPtreeShow=dendrogram(EGtree,'orientation','left'); % Dendrogram plot　　5.2.2 模型求解　　部分結(jié)果顯示：　　圖表 3

39、圖表 4 　　圖表 5 圖表 6 　　圖表 7 圖表 8 　　5.3 問(wèn)題三的模型　　由于

40、序列的第20行數(shù)據(jù)比其他行多近一半的數(shù)據(jù)，一般的電腦運(yùn)行時(shí)會(huì)出現(xiàn)溢出現(xiàn)象，為了解決這個(gè)問(wèn)題，第二十行的程序需要加以改進(jìn)，使其能夠適應(yīng)一般的電腦運(yùn)行內(nèi)存。　　5.3.1 模型建立　　運(yùn)行時(shí)的問(wèn)題從求解出以后就出現(xiàn)了。所以的函數(shù)不能用，現(xiàn)在我考慮，可能是先求解出導(dǎo)致占用了過(guò)多內(nèi)存，我現(xiàn)在把, , , 的原始公式直接帶入編寫(xiě)的函數(shù)中，發(fā)現(xiàn)運(yùn)行速度變快。但是這樣

41、6個(gè)需要依次求出，然后依次運(yùn)行，，，，，一遍運(yùn)行完成后，得到3個(gè)最大特征根矩陣第20行中的一個(gè)，運(yùn)行6次，3個(gè)矩陣的第20行變求出來(lái)了。　　模型III　　求解第20行第一個(gè)值　　n=length(DNA{20});　　ED1=zero

42、s(n,n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　ED1(i,j)=sqrt(((A(j)-A(i))-2*(G(j)-G(i)))^2+((T(j)-T(i))-2*(C(j)-C(i)))^2);&

43、lt;p>　　end　　end　　u1=max(eigs(ED1)/n);　　求解第20行第一個(gè)值　　PD1=I_PD(ED1);　　EP1=I_E

44、P(ED1,PD1);　　u2=max(eigs(EP1)/n);　　求解第20行第一個(gè)值　　EG1=I_EG(ED1) ;　　u3=max(eigs(EG1)/n);　　clear('ED1','PD1&

45、#39;,'EP1','EG1','u1','u2','u3');　　5.3.2 模型求解 　　第20行結(jié)果展示：　　圖表 9 的20行圖表 10 的20行圖表

46、11 的20行　　序列聚類(lèi)樹(shù)圖：　　圖表 12 的聚類(lèi)樹(shù)圖圖表 13 的聚類(lèi)樹(shù)圖圖表 14 的聚類(lèi)樹(shù)圖　　6 模型的評(píng)價(jià)與改進(jìn)　　此文章能較好的將序列進(jìn)行分類(lèi)和鑒別，運(yùn)行最終的主程序,便可清楚地給出其聚類(lèi)樹(shù)

47、圖和相應(yīng)的最大特征根矩陣。但是其在處理大量序列的過(guò)程中，容易出現(xiàn)溢出現(xiàn)象，表明程序仍然是不夠完善的，畢竟編程過(guò)程中用到的兩層循環(huán)對(duì)于程序的影響是很大的，可以考慮將其中的循環(huán)盡量的簡(jiǎn)化，但是我還是沒(méi)有更好的方法。根據(jù)我對(duì)第20行的重新編碼，可以處理的數(shù)據(jù)也可以很大，但是需要手動(dòng)的運(yùn)算量增加，整體運(yùn)行時(shí)間較長(zhǎng),消耗的計(jì)算機(jī)內(nèi)存較大,這些都是需要改進(jìn)的地方。　　參考文獻(xiàn)</b&

48、gt;　　張養(yǎng)安、劉林章，MATLAB軟件在數(shù)據(jù)處理中的應(yīng)用，水土保持研究，2005年8月　　姜長(zhǎng)元，MATLAB和Word的鏈接及應(yīng)用，洛陽(yáng)師范學(xué)院，2005年第二期　　王沫然，MATLAB與科學(xué)計(jì)算（第二版），電子出版社，2008年9月。　　附錄

49、　　A.1 附錄描述1　　問(wèn)題一中的程序：　　P=importdata('TF24.txt'); %讀取TF中的數(shù)據(jù)到a中，P是cell類(lèi)型的列向量 　　Q=P

50、;%將取出來(lái)的數(shù)據(jù)放到Q中　　DNA=cell(24,1);　　m=length(Q);　　A=zeros(1,25);　　j=1;k=1;　　A(25)=m+1;&l

51、t;p>　　for i=1:m　　if double(Q{i}(1))==62　　A(j)=i; %A數(shù)組存放的的是首字符為'>'的行數(shù)　　j=j+1;

52、;　　end　　end　　n=length(A)-1;　　for i=1:n　　DNA{i}=cell2mat((Q(A(i)+1:A(i+1)-1))');%將介于兩

53、個(gè)'>'之間的段取出，然后轉(zhuǎn)置，然后分開(kāi)成單個(gè)字符，放于cell的第一個(gè)中　　end　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　% 找到不是ATGC的字符替換　　%%

54、%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　for i=1:24　　for j=1:length(DNA{i})　　if DNA{i}(j)~='A'&&DNA{i}(j)~='T'&&DNA{i}(j)~=

55、9;G'&&DNA{i}(j)~='C'　　disp('此處有一個(gè)字符不是ATGC');　　i,j　　DNA{i}(j)='A';　　disp('轉(zhuǎn)換完成

56、！');　　end　　end　　end　　function [A T G C]=I_calculate(X)

57、　　% X是輸入的數(shù)組,即DNA{i} i=1,2,3...24　　% A T G C是輸出數(shù)據(jù),是行向量，A(i)表示前i個(gè)字符中含有的A的個(gè)數(shù)　　% 劉海鵬 2012.08.25　　A=zeros(1,length(X));　　T=zeros(1,length(X))

58、;　　G=zeros(1,length(X));　　C=zeros(1,length(X));　　A(1)=0;　　T(1)=0;　　G

59、(1)=0;　　C(1)=0;　　if X(1)=='A'　　A(1)=A(1)+1;　　elseif X(1)=='T'　　T(1)=T(

60、1)+1;　　elseif X(1)=='G'　　G(1)=G(1)+1;　　else　　C(1)=C(1)+1;　　end <

61、/p>　　for i=2:length(X)　　if X(i)=='A'　　A(i)=A(i-1)+1;　　T(i)=T(i-1);　　G(i)=G(i-1);　　C(i)=C(i-1)

62、;　　elseif X(i)=='T'　　A(i)=A(i-1);　　T(i)=T(i-1)+1;　　G(i)=G(i-1);　　C(i)=C(i-1);　　elseif

63、X(i)=='G'　　A(i)=A(i-1);　　T(i)=T(i-1);　　G(i)=G(i-1)+1;　　C(i)=C(i-1);　　else &l

64、t;p>　　A(i)=A(i-1);　　T(i)=T(i-1);　　G(i)=G(i-1);　　C(i)=C(i-1)+1;　　end　　end&l

65、t;/p>　　% z1=0;z2=0;z3=0;z4=0;　　% for i=1:length(X)　　% if X(i)=='A'　　% z1=z1+1;　　% elseif X(i)==

66、9;T'　　% z2=z2+1;　　% elseif X(i)=='G'　　% z3=z3+1;　　% else z4=z4+1;　　%

67、 end　　% A(i)=z1;　　% T(i)=z2;　　% G(i)=z3;　　% C(i)=z4;　　% end

68、;　　問(wèn)題二中的程序　　function [Aij,Tij,Cij,Gij]=I_ED1(A,T,G,C)　　n=length(A);　　Aij=zeros(n);　　Tij=zeros(n);

69、;　　Cij=zeros(n);　　Gij=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　Aij(i,j)=A(j)-A(i);&

70、lt;p>　　Tij(i,j)=T(j)-T(i);　　Gij(i,j)=G(j)-G(i);　　Cij(i,j)=C(j)-C(i);　　end　　end<p

71、>　　function ED=I_ED(x,y,z,w) %x y z w是Aij,Tij.Gij,Cij中的一個(gè)　　ED=sqrt((x-2*y).^2+(z-2*w).^2);　　% ED1=I_ED(Aij,Gij,Tij,Cij);　　% ED2=I_ED(Cij,Tij,Aij,Gij);<

72、/p>　　% ED3=I_ED(Aij,Cij,Tij,Gij);　　% ED4=I_ED(Gij,Tij,Aij,Cij);　　% ED5=I_ED(Aij,Tij,Cij,Gij);　　% ED6=I_ED(Gij,Cij,Aij,Tij);

73、;　　function PD=I_PD(ED)　　n=length(ED);　　for i=1:n　　for j=i+2:n　　ED(i,j)=ED(i,j-1)+ED(j-1,j);<

74、b>　　end　　ED(i,i)=0;　　end　　ED=triu(ED);　　PD=ED+ED';　　% PD1=I_PD(ED1);

75、　　% PD2=I_PD(ED2);　　% PD3=I_PD(ED3);　　% PD4=I_PD(ED4);　　% PD5=I_PD(ED5);　　% PD6=I_PD(ED6);　　function EP=I

76、_EP(ED,PD)　　n=length(PD);　　for i=1:n　　PD(i,i)=1;　　end　　EP=ED./PD;

77、　　for i=1:n　　EP(i,i)=0;　　end　　% EP1=I_EP(ED1,PD1);　　% EP2=I_EP(ED2,PD2);<p

78、>　　% EP3=I_EP(ED3,PD3);　　% EP4=I_EP(ED4,PD4);　　% EP5=I_EP(ED5,PD5);　　% EP6=I_EP(ED6,PD6);　　function EG=I_EG(ED)

79、　　n=length(ED);　　EG=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　if i~=j<p&g

80、t;　　EG(i,j)=ED(i,j)/abs(i-j);　　else　　EG(i,j)=0;　　end　　end&

81、lt;b>　　end　　% EG1=I_EG(ED1);　　% EG2=I_EG(ED2);　　% EG3=I_EG(ED3);　　% EG4=I_EG(ED4);　　% EG5=I_EG(ED5);&l

82、t;/p>　　% EG6=I_EG(ED6);　　function y=I_EGa1(ED1,ED2,ED3,ED4,ED5,ED6)　　N=length(ED1);　　y(1)=max(eigs(ED1)/N);　　y(2)=max(eigs

83、(ED2)/N);　　y(3)=max(eigs(ED3)/N);　　y(4)=max(eigs(ED4)/N);　　y(5)=max(eigs(ED5)/N);　　y(6)=max(eigs(ED6)/N);　　% EGa1(,

84、1:6)=I_EGa1(ED1,ED2,ED3,ED4,ED5,ED6);　　% EGa2(,1:6)=I_EGa1(EP1,EP2,EP3,EP4,EP5,EP6);　　% EGa3(,1:6)=I_EGa1(EG1,EG2,EG3,EG4,EG5,EG6);　　EGe=zeros(24);

85、　　for i=1:24　　for j=i+1:24　　EGe(i,j)=norm(EGa1(i,:)-EGa1(j,:));　　EGe(j,i)=EGe(i,j); 　　end<p

86、>　　end　　EGe0=pdist(EGe,'euclidean'); % Pairwise distance　　EGtree=linkage(EGe0); % Create hierarchical cluster tree&

87、lt;p>　　EPtreeShow=dendrogram(EGtree,'orientation','left'); % Dendrogram plot　　問(wèn)題3中的程序(第20行)　　n=length(DNA{20});　　ED1=zeros(n,n);</p

88、>　　for i=1:n　　for j=1:n　　ED1(i,j)=sqrt(((A(j)-A(i))-2*(G(j)-G(i)))^2+((T(j)-T(i))-2*(C(j)-C(i)))^2);<b

89、>　　end　　end　　u1=max(eigs(ED1)/n);　　PD1=I_PD(ED1);　　EP1=I_EP(ED1,PD1);　　u2=max(eigs(

90、EP1)/n);　　EG1=I_EG(ED1) ;　　u3=max(eigs(EG1)/n);　　EGa1(20,1)=u1;EGa2(20,1)=u2;EGa3(20,1)=u3;　　clear('ED1','PD1','EP1&

91、#39;,'EG1','u1','u2','u3');　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　% ED2=CT　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

92、%%%%%%%%%%%%%%%　　ED2=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　ED2(i,j)=sqrt(((C(j)-C(i))-2*(T(j)-T(i)))^2+

93、((A(j)-A(i))-2*(G(j)-G(i)))^2);　　end　　end　　u1=max(eigs(ED2)/n);　　PD2=I_PD(ED2);<p&g

94、t;　　EP2=I_EP(ED2,PD2);　　u2=max(eigs(EP2)/n);　　EG2=I_EG(ED2) ;　　u3=max(eigs(EG2)/n);　　EGa1(20,2)=u1;EGa2(20,2)=u2;EGa3(20,2)=u3;

95、;　　clear('ED2','PD2','EP2','EG2','u1','u2','u3');　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　% ED3=AC&

96、lt;/b>　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% ED1=AG　　ED3=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n&l

97、t;/p>　　ED3(i,j)=sqrt(((A(j)-A(i))-2*(C(j)-C(i)))^2+((T(j)-T(i))-2*(G(j)-G(i)))^2);　　end　　end　　u1=max(eigs

98、(ED3)/n);　　PD3=I_PD(ED3);　　EP3=I_EP(ED3,PD3);　　u2=max(eigs(EP3)/n);　　EG3=I_EG(ED3) ;　　u3=max(eigs(EG3)/n);

99、;　　EGa1(20,3)=u1;EGa2(20,3)=u2;EGa3(20,3)=u3;　　clear('ED3','PD3','EP3','EG3','u1','u2','u3');　　%%%%%%%%%%%%%%%%

100、%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　% ED4=GT　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% % ED1=AG　　ED4=zeros(n);　　for i=

101、1:n　　for j=1:n　　ED4(i,j)=sqrt(((G(j)-G(i))-2*(T(j)-T(i)))^2+((A(j)-A(i))-2*(C(j)-C(i)))^2);　　end&

102、lt;p>　　end　　u1=max(eigs(ED4)/n);　　PD4=I_PD(ED4);　　EP4=I_EP(ED4,PD4);　　u2=max(eigs(EP4)/n);　　E

103、G4=I_EG(ED4) ;　　u3=max(eigs(EG4)/n);　　EGa1(20,4)=u1;EGa2(20,4)=u2;EGa3(20,4)=u3;　　clear('ED4','PD4','EP4','EG4','u1',

104、'u2','u3');　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　% ED5=AT　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% ED1=AG

105、;　　ED5=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　ED5(i,j)=sqrt(((A(j)-A(i))-2*(T(j)-T(i)))^2+((C(j)-C(i))-2*(G(j)-G(i

106、)))^2);　　end　　end　　u1=max(eigs(ED5)/n);　　PD5=I_PD(ED5);　　EP5=I_EP(ED5,PD5);&l

107、t;/p>　　u2=max(eigs(EP5)/n);　　EG5=I_EG(ED5) ;　　u3=max(eigs(EG5)/n);　　EGa1(20,5)=u1;EGa2(20,5)=u2;EGa3(20,5)=u3;　　clear('

108、;ED5','PD5','EP5','EG5','u1','u2','u3');　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　% ED6=GC<

109、;p>　　%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%　　ED6=zeros(n);　　for i=1:n　　for j=1:n　　ED6(i,j)=sq

110、rt(((G(j)-G(i))-2*(C(j)-C(i)))^2+((A(j)-A(i))-2*(T(j)-T(i)))^2);　　end　　end　　u1=max(eigs(ED6)/n);

111、PD6=I_PD(ED6);　　EP6=I_EP(ED6,PD6);　　u2=max(eigs(EP6)/n);　　EG6=I_EG(ED6) ;　　u3=max(eigs(EG6)/n);　　EGa1(20,6)=u1;EGa2

112、(20,6)=u2;EGa3(20,6)=u3;　　clear('ED6','PD6','EP6','EG6','u1','u2','u3','C','G','T','A');&l

113、t;b>　　A.2 附錄描述2　　主程序　　clear;　　clc;　　profile on;<p&g

114、t;　　profile clear;　　DNA=cell(24,1);　　I_importdata;　　clear('P','Q','m');　　EGa1=zeros(24,6);

115、　EGa2=zeros(24,6);　　EGa3=zeros(24,6);　　for i=1:19　　[A T G C]=I_calculate(DNA{i});　　[Aij,Tij,Cij,Gij]=I_ED1(A,T,G,C);

116、;　　clear('A','T','G','C');　　ED1=I_ED(Aij,Gij,Tij,Cij);　　ED2=I_ED(Cij,Tij,Aij,Gij);　　ED3=I_ED(Aij,Cij,Tij,Gij);<

117、;p>　　ED4=I_ED(Gij,Tij,Aij,Cij);　　ED5=I_ED(Aij,Tij,Cij,Gij);　　ED6=I_ED(Gij,Cij,Aij,Tij);　　clear('Aij','Cij','Gij','Tij');&l

118、t;/p>　　EGa1(i,:)=I_EGa1(ED1,ED2,ED3,ED4,ED5,ED6);　　PD1=I_PD(ED1);　　PD2=I_PD(ED2);　　PD3=I_PD(ED3);　　PD4=I_PD(ED4);

119、;　　PD5=I_PD(ED5);　　PD6=I_PD(ED6);　　EP1=I_EP(ED1,PD1);　　EP2=I_EP(ED2,PD2);　　EP3=I_EP(ED3,PD3);　　EP4=I_EP(

120、ED4,PD4);　　EP5=I_EP(ED5,PD5);　　EP6=I_EP(ED6,PD6);　　EGa2(i,:)=I_EGa1(EP1,EP2,EP3,EP4,EP5,EP6);　　clear('PD1','PD2','PD

121、3','PD4','PD5','PD6','EP1','EP2','EP3','EP4','EP5','EP6');　　EG1=I_EG(ED1);　　EG2=I_EG(ED2);

122、　　EG3=I_EG(ED3);　　EG4=I_EG(ED4);　　EG5=I_EG(ED5);　　EG6=I_EG(ED6);　　EGa3(i,:)=I_EGa1(EG1,EG2,EG3,EG4,EG5,EG6);<p&g

123、t;　　clear('ED1','ED2','ED3','ED4','ED5','ED6','EG1','EG2','EG3','EG4','EG5','EG6');　　end</b

124、>　　[A T G C]=I_calculate(DNA{20});　　I_20ED1;　　for i=21:24　　[A T G C]=I_calculate(DNA{i});　　[A

125、ij,Tij,Cij,Gij]=I_ED1(A,T,G,C);　　clear('A','T','G','C');　　ED1=I_ED(Aij,Gij,Tij,Cij);　　ED2=I_ED(Cij,Tij,Aij,Gij);&

126、lt;p>　　ED3=I_ED(Aij,Cij,Tij,Gij);　　ED4=I_ED(Gij,Tij,Aij,Cij);　　ED5=I_ED(Aij,Tij,Cij,Gij);　　ED6=I_ED(Gij,Cij,Aij,Tij);　　clear('Aij

127、','Cij','Gij','Tij');　　EGa1(i,:)=I_EGa1(ED1,ED2,ED3,ED4,ED5,ED6);　　PD1=I_PD(ED1);　　PD2=I_PD(ED2);　　PD3=I_PD(

128、ED3);　　PD4=I_PD(ED4);　　PD5=I_PD(ED5);　　PD6=I_PD(ED6);　　EP1=I_EP(ED1,PD1);　　EP2=I_EP(ED2,PD2);

129、　EP3=I_EP(ED3,PD3);　　EP4=I_EP(ED4,PD4);　　EP5=I_EP(ED5,PD5);　　EP6=I_EP(ED6,PD6);　　EGa2(i,:)=I_EGa1(EP1,EP2,EP3,EP4,EP5,EP6);&

130、lt;p>　　clear('PD1','PD2','PD3','PD4','PD5','PD6','EP1','EP2','EP3','EP4','EP5','EP6');　　EG1=I_EG(ED1

131、);　　EG2=I_EG(ED2);　　EG3=I_EG(ED3);　　EG4=I_EG(ED4);　　EG5=I_EG(ED5);　　EG6=I_EG(ED6);　　EGa3(i,:)=

132、I_EGa1(EG1,EG2,EG3,EG4,EG5,EG6);　　clear('ED1','ED2','ED3','ED4','ED5','ED6','EG1','EG2','EG3','EG4','EG5','

133、EG6');　　end　　I_dendrogram(EGa1);　　hold on;　　I_dendrogram(EGa2);

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