網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫

1、PubMed,圖書館秋冬系列數(shù)據(jù)庫培訓(xùn)之七,數(shù)據(jù)庫簡介數(shù)據(jù)庫的使用方法檢索結(jié)果的處理,數(shù)據(jù)庫簡介,從字面上看，PubMed這一名稱，源自“Public”和“Medline”兩個(gè)英語單詞，顧名思義，意味著面向公眾的、免費(fèi)的醫(yī)藥信息檢索服務(wù)。Pubmed是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(National Library of Medicine,NLM)所屬的國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology

2、Information，NCBI)建立的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)，使用NCBI的Entrez檢索平臺(tái)。是檢索全世界生物醫(yī)學(xué)期刊論文的重要工具?；诨ヂ?lián)網(wǎng)，提供免費(fèi)檢索服務(wù)，部分文獻(xiàn)（約5%）可免費(fèi)下載全文。,收錄范圍,1、MEDLINE（Medline是PubMed的核心內(nèi)容） 2、PreMEDLINE 3、Publisher supplied citations,Medline是由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館研制開發(fā)的一個(gè)生物醫(yī)學(xué)文摘

3、型光盤數(shù)據(jù)庫，1983年開始推出，至今已有20多年歷史，應(yīng)用廣泛。 收錄了收錄了20世紀(jì)60年代（一說1953年）以來世界70多個(gè)國家和地區(qū)出版的大約5300多種（統(tǒng)計(jì)數(shù)字截至2006年10月）重要生物醫(yī)學(xué)期刊的文獻(xiàn)題錄和文摘，涉及生物醫(yī)學(xué)及相關(guān)學(xué)科（如農(nóng)業(yè)、化學(xué)等）的廣泛學(xué)科領(lǐng)域，數(shù)據(jù)庫中約80%的記錄提供文摘。Medline數(shù)據(jù)庫中收錄的文獻(xiàn)以英文為主（約占85%），但也包括世界上其他數(shù)十種重要語種的文獻(xiàn)。對于原文為非英文的文獻(xiàn)

4、，Medline收錄時(shí)均將原文獻(xiàn)的題錄信息譯成英文，并進(jìn)行適當(dāng)標(biāo)識(shí)（非英文文獻(xiàn)標(biāo)題加方括號）。 記錄標(biāo)注“[PubMed - indexed for MEDLINE]”,PreMedline是Medline的預(yù)處理數(shù)據(jù)庫，主要收錄未經(jīng)標(biāo)引加工的書目文獻(xiàn)信息，只提供基本的書目線索，如題名、著者、文摘、出處等。Premedline屬于Medline的最新內(nèi)容，是檢索Medline光盤時(shí)找不到的，只有待Medline光盤下次更新后才可能

5、檢索到 因?yàn)槲醋鲋黝}標(biāo)引，檢索時(shí)采用自由詞檢索記錄標(biāo)注“[PubMed - in process]”,,Publisher Supplied Citation是出版商直接向PubMed提供的非Medline收錄的電子期刊記錄標(biāo)注“[PubMed - as supplied by publisher]”,數(shù)據(jù)庫的檢索界面,PubMed擁有兩個(gè)獨(dú)立的互聯(lián)網(wǎng)域名，http://www.pubmed.gov http://www.pub

6、med.com 具體資源地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/,,,,,,,NCBI其它資源,簡單檢索,輔助檢索,專用檢索,數(shù)據(jù)庫的使用方法,簡單檢索輔助檢索專用檢索,數(shù)據(jù)庫的使用方法-簡單檢索,在PubMed初始檢索界面的唯一檢索框中輸入任意檢索詞或者檢索式，然后點(diǎn)擊“Go”按鍵，系統(tǒng)即顯示出檢索結(jié)果。輸入的檢索詞不區(qū)分大小寫，可以是任何具有實(shí)際意義的單詞或者詞語，如自由詞（疾

7、病名稱、藥品名稱）、主題詞、人名、地名、期刊名稱、期刊ISSN號等；檢索式是指使用布爾邏輯運(yùn)算符、截詞符（通配符）等對檢索詞進(jìn)行組配。,PubMed可使用布爾邏輯算符AND（邏輯與）、OR（邏輯或）、NOT（邏輯非）。對含有多個(gè)布爾邏輯運(yùn)算符的檢索式采用從左到右的自然順序進(jìn)行運(yùn)算，不存在某個(gè)運(yùn)算符優(yōu)先的情況，但可以使用半角括號對檢索式的優(yōu)先運(yùn)算順序進(jìn)行指定，如”AIDS AND (China OR Korea)”。布爾邏輯運(yùn)算符必須

8、全部大寫才有效。支持”*”截詞運(yùn)算符，用來通配多個(gè)字符。,Entrez PubMed具有自動(dòng)詞語匹配功能（Automatic Term Mapping），通過這一功能，對于用戶在檢索框中輸入的非限定檢索詞，系統(tǒng)將依次到MeSH詞轉(zhuǎn)換表、期刊刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Translation Table）、短語表（Phrase list）、作者姓名索引表（Author Index）中進(jìn)行詞語匹配查找。,,作者檢索格式：姓氏全稱+名字首

9、字母縮寫（最多兩個(gè)字母）例：檢索2006年諾貝爾醫(yī)學(xué)與生理學(xué)獎(jiǎng)獲得者Andrew Z. Fire發(fā)表的論文，可直接在檢索框中輸入“fire a”或者“fire az”即可。例：檢索鐘南山院士發(fā)表的論文，輸入“zhong NS”或“zhong N”,,期刊檢索：刊名檢索或刊號檢索刊名檢索：全名或縮寫刊號檢索： ISSN（國際標(biāo)準(zhǔn)刊號）注：PubMed中我國出版的期刊名稱一律采用漢語拼音，而非英文譯名。,,問題輸入檢索詞后，

10、PubMed的自動(dòng)詞語匹配功能會(huì)將這些詞優(yōu)先轉(zhuǎn)換成為醫(yī)學(xué)主題詞（同時(shí)作為自由詞）進(jìn)行檢索，而不再自動(dòng)進(jìn)行期刊、作者名稱檢索。檢索作者名時(shí)容易檢索出其它姓名格式相同但實(shí)際不同的作者。,對策使用限定字段檢索，格式：檢索詞[字段名稱]，如zhong ns[au]用半角雙引號將檢索詞引起來，強(qiáng)制PubMed進(jìn)行詞組精確檢索。例如，在檢索框中輸入“gene therapy”，系統(tǒng)將直接在數(shù)據(jù)庫所有字段中查找該短語，而不再執(zhí)行自動(dòng)詞語匹配功能

11、。使用布爾邏輯算符，增加限制條件。如檢索廣州醫(yī)學(xué)院鐘南山的論文：zhong ns[au] AND guangzhou med*[ad],數(shù)據(jù)庫字段,,,,,,,,常用的字段：AD（作者單位）、AU（作者）、TI（題名）、LA（語種）、MH（主題詞）、PT（文獻(xiàn)類型）、TIAB（題名/文摘）、PL（出版地，國家或地區(qū)）、RN（酶代碼及化學(xué)文摘登記號）、TA（刊名）,數(shù)據(jù)庫的使用方法-輔助檢索,LimitsPreview/Index

12、HistoryClipboardDetails,Limits,對檢索詞或者檢索策略進(jìn)行某些限定和修飾，以縮小檢索范圍，得到更精確的檢索結(jié)果，提高檢索效率?！癓imits”一經(jīng)設(shè)定或者修改，對后面的檢索一直有效，直到重新進(jìn)行設(shè)定。,作者檢索（Search by Author，可輸入多個(gè)作者姓名）期刊檢索（Search by Jounral，可輸入多個(gè)期刊名）只檢索提供全文、免費(fèi)全文或文摘的文獻(xiàn)（Full Text, Free Fu

13、ll Text, and Abstracts）；日期（出版日期和加入PubMed數(shù)據(jù)庫的日期）；研究對象（Hunans or Animals）；性別（Gender）；文獻(xiàn)語種（Languages）；子集（Subsets）；文獻(xiàn)類型（Type of Articles）；研究對象的年齡組（Ages）；指定字段檢索（Tag Terms）。,,,,,Preview/Index,Preview/Index包括Preview（預(yù)覽）

14、和Index（索引）兩個(gè)功能。Preview 對最近三次檢索（Most Recent Queries）的結(jié)果進(jìn)行預(yù)覽，對每次檢索進(jìn)行編號（#加數(shù)字）、列出檢索式、檢索時(shí)間及命中文獻(xiàn)數(shù)量。用戶可根據(jù)命中文獻(xiàn)數(shù)量來判斷是否有必要進(jìn)一步修改檢索式以縮小或擴(kuò)大檢索范圍，避免每次因傳輸大量數(shù)據(jù)而浪費(fèi)時(shí)間。在此欄目可直接進(jìn)行新的組配。用鼠標(biāo)點(diǎn)擊Preview中的檢索式編號鏈接，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)“Options”菜單，供用戶進(jìn)行相關(guān)操作，如邏輯組配（A

15、ND、OR、NOT）、刪除（Delete）、檢索（Go）、查看檢索細(xì)節(jié)（Details）、保存檢索策略（Save in my NCBI）等。用鼠標(biāo)點(diǎn)擊檢索命中記錄數(shù)字，即可查看檢索出的文獻(xiàn)。,,,Index是從索引中查看和選擇檢索詞。例如：要用與Tuberculosis(結(jié)核)有關(guān)的MeSH詞來進(jìn)行檢索，在輸入框內(nèi)輸入Tuberculosis，再在前面的下拉式菜單的選擇MeSH Terms，再點(diǎn)擊Index按鈕，下面的滾動(dòng)索引窗中會(huì)顯示

16、所有與Tuberculosis有關(guān)的主題詞及命中記錄數(shù)，選中“tuberculosis/drug therapy(19012)”，點(diǎn)擊AND、OR或者NOT按鈕，"tuberculosis/drug therapy"[MeSH Terms] 就會(huì)自動(dòng)出現(xiàn)在檢索提問框內(nèi)。,,,History,History功能與Preview有些類似，但History能保存用戶所有的檢索請求和結(jié)果。窗口顯示檢索序號、檢索式、檢索時(shí)間、

17、命中文獻(xiàn)數(shù)，點(diǎn)“Clear History”按鈕清除所有檢索歷史記錄。用鼠標(biāo)點(diǎn)擊History中的檢索式編號，也會(huì)出現(xiàn)一個(gè)“Options”菜單，供用戶對該檢索式進(jìn)行邏輯組配（AND、OR、NOT）、刪除（Delete）、檢索（Go）、查看檢索細(xì)節(jié)（Details）、保存檢索策略（Save in my NCBI）等。點(diǎn)擊命中文獻(xiàn)數(shù)字，可以查看檢索出的文獻(xiàn)。檢索記錄在系統(tǒng)中保留8個(gè)小時(shí)。,,,Clipboard,Clipboard主要用

18、于暫時(shí)存放一次或多次檢索結(jié)果當(dāng)中的選定記錄（PubMed檢索結(jié)果處理方法中有“Send to Clipboard”項(xiàng)。用戶可對剪貼板內(nèi)的文獻(xiàn)進(jìn)行排序（Sort）和保存（Send to）等，也可對剪貼板內(nèi)的文獻(xiàn)進(jìn)行進(jìn)一步的檢索：如，要找出剪貼板中的英文文獻(xiàn)，可以在檢索框內(nèi)輸入“#0 AND english [LA]”，這樣做本身不會(huì)影響剪貼板里的內(nèi)容。 #0代表剪貼板中已有的文獻(xiàn)。,,剪貼板中最多可保存500條文獻(xiàn)；若PubMed 停止

19、使用8小時(shí)或以上，剪貼板里的內(nèi)容就會(huì)被清除；,,,Details,Details功能主要用來查看和編輯檢索每次檢索情況，可以增加或刪除檢索詞。例如：在簡單檢索框中輸入檢索詞“l(fā)iver cancer hepatitis”，進(jìn)行檢索，在Details就能看到相應(yīng)的轉(zhuǎn)換過程。,,“Query Translation”（檢索式轉(zhuǎn)換）項(xiàng)列出本次檢索詞自動(dòng)詞語匹配情況；用戶可對這檢索式進(jìn)行修改，點(diǎn)“Search”按鈕即可重新檢索；點(diǎn)擊“URL”

20、按鈕，進(jìn)入顯示本次檢索結(jié)果的頁面，用瀏覽器的書簽（或收藏夾）菜單將目前的檢索項(xiàng)目作為URL地址以書簽形式保存，以便下次再檢索；“Result”項(xiàng)注明本次檢索命中文獻(xiàn)數(shù)量；“Translations”項(xiàng)說明用戶輸入的每個(gè)檢索詞的轉(zhuǎn)換情況；Database說明本次檢索的數(shù)據(jù)庫對象；“User query”列出用戶本次檢索所輸入的檢索詞。,專用檢索,Journal Database(期刊信息數(shù)據(jù)庫) MeSH Database(醫(yī)學(xué)

21、主題詞數(shù)據(jù)庫) Single Citation Matcher（單篇論文題錄匹配檢索）Clinical Queries（臨床查詢）,Journal Database,查詢PubMed收錄期刊的相關(guān)信息：可輸入期刊名稱（全稱或縮寫）、ISSN號、刊名中的任意一個(gè)或多個(gè)詞語來查找期刊的詳細(xì)信息。包括刊名（Title）、ISSN號、刊名縮寫（Title Abbreviation）、刊名ISO縮寫（ISO Abbreviation）、創(chuàng)刊

22、年（Publication Start Year）、出版商（Publisher）、刊物變遷情況（Continuation Notes）、語種（Language）、出版國（Country）、相關(guān)主題詞（Subject Term）、NLM編號（NLM ID）等，選擇”Send to Search Box with OR”命令，即可檢索該刊物所發(fā)表的文獻(xiàn)。,,,,,MeSH Database,供用戶查詢醫(yī)學(xué)主題詞并構(gòu)建相關(guān)檢索策略：輸入自由詞

23、，系統(tǒng)將提供與其相近的主題詞供用戶選擇。,例如：點(diǎn)擊“MeSH Database”，界面進(jìn)入主題詞檢索狀態(tài)。在檢索框中輸入”AIDS”，系統(tǒng)將分頁列出相關(guān)的醫(yī)學(xué)主題詞，并且一一進(jìn)行簡要注釋。點(diǎn)擊其中一個(gè)主題詞，系統(tǒng)將顯示該主題詞的詳細(xì)信息，包括： 詞義注釋 被收錄入醫(yī)學(xué)主題詞表的年限 可供該主題詞組配的所有副主題詞列表（可勾選） 入口詞 該主題詞的樹狀結(jié)構(gòu)表 是否將該主題詞限定為主要主題詞（Res

24、trict Search to Major Topic headings only） 是否不進(jìn)行擴(kuò)展檢索（Do Not Explode this term）,輸入“AIDS”進(jìn)行查找后，系統(tǒng)列出相關(guān)主題詞：,,點(diǎn)擊所需的主題詞，進(jìn)入該主題詞的詳細(xì)信息，選擇副主題詞“diet therapy”,,,,詞義注釋,收錄入主題詞表的時(shí)間,可搭配的副主題詞（可多選）,是否限定為主要主題詞,是否擴(kuò)展,,,入口詞,樹狀結(jié)構(gòu),,選擇完畢后，點(diǎn)擊“

25、Search Box with”三個(gè)選項(xiàng)當(dāng)中的一個(gè)，頁面跳轉(zhuǎn)至下圖，點(diǎn)擊“PubMed Search”。,得到檢索結(jié)果,,所用檢索式,雖然通過主題詞數(shù)據(jù)庫進(jìn)行主題詞途徑檢索操作起來繁瑣，但其檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性高，不易漏檢，可說是最佳的檢索方法之一，一旦熟練掌握，可達(dá)到事半功倍的效果。,Single Citation Matcher（單篇論文題錄匹配檢索）,Single Citation Matcher是通過輸入論文的相關(guān)信息如發(fā)表期刊名

26、稱、卷、期、頁碼、發(fā)表日期、作者、文獻(xiàn)篇名關(guān)鍵詞等從而可以快速檢索到該篇文獻(xiàn)。例如：我們知道在一個(gè)姓Hutchins的作者在1979發(fā)表了一篇論文，該文在期刊的起始頁碼為745，但不知道該文獻(xiàn)的其他相關(guān)信息，可以通過Single Citation Matcher輸入有限的已知信息（未知的空著即可）也可快速地找到該篇文章。Single Citation Matcher的功能也可以通過前面所說的PubMed限定字段檢索來實(shí)現(xiàn)，上例中，可

27、在檢索框中輸入檢索式“Hutchins[AU] AND 1979[DP] AND 745[PG]”同樣也可以很快找到這篇文獻(xiàn)。,,,Clinical Queries,是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計(jì)的檢索入口,專門檢索臨床研究方法學(xué)(循證醫(yī)學(xué))文獻(xiàn),主要涉及治療,診斷,病因和預(yù)后四個(gè)方面,并提供敏感度(強(qiáng)調(diào)查全)或?qū)Ｖ付?強(qiáng)調(diào)查準(zhǔn))兩種選擇。Clinical Queries有三個(gè)功能:Search by Clinical Study Catego

28、ryFind Systematic ReviewsMedical Genetics Searches,檢索結(jié)果及其處理,PubMed可用30多種不同的格式顯示檢索結(jié)果，默認(rèn)Summary格式。結(jié)果排序： Pub Date(出版日期)、First Author（第一作者）、Last Author（末位作者）、Journal（期刊名稱）。,收錄文獻(xiàn)狀態(tài)每篇文獻(xiàn)標(biāo)題的左側(cè)，都有一個(gè)小圖標(biāo)，不同的圖標(biāo)表明該文獻(xiàn)的不同情況，如“Fre

29、e in PMC”（表示PMC中有該文獻(xiàn)的免費(fèi)全文）、“Free Full Text”（表示該文獻(xiàn)有其他來源免費(fèi)全文）、“Abstract”（表示該文獻(xiàn)有文摘）、“No Abstract”（表示該文獻(xiàn)無文摘）等等。,,,Free in PMC,No abstract,abstract,Free full text,直接點(diǎn)擊結(jié)果中某篇文獻(xiàn)的論文作者或圖標(biāo)鏈接，即可顯示該篇文獻(xiàn)的詳細(xì)內(nèi)容（見下圖），包括出處、篇名、作者、作者地址、文摘（如果

30、有的話）、PMID等。如果互聯(lián)網(wǎng)上有該文獻(xiàn)的全文（免費(fèi)或付費(fèi)），將用圖標(biāo)進(jìn)行標(biāo)對全文來源一一進(jìn)行標(biāo)識(shí)并鏈接。如果有免費(fèi)全文提供，點(diǎn)擊該鏈接即可在線閱讀或下載該文獻(xiàn)全文，一般為PDF文件格式；如果是付費(fèi)全文服務(wù)，點(diǎn)擊鏈接可進(jìn)入到提供該文獻(xiàn)全文的機(jī)構(gòu)的網(wǎng)頁，從而了解獲取全文的方法。,,,檢索結(jié)果的處理可通過選擇”Send to”下拉菜單進(jìn)行來完成。如果用戶不對文獻(xiàn)進(jìn)行選擇，保存操作將面向本次檢索的所有檢索結(jié)果，否則只對所選擇的文獻(xiàn)進(jìn)行

31、相關(guān)操作。Send to Text：將檢索結(jié)果轉(zhuǎn)換為純文本，并在瀏覽器中顯示；Send to File：將檢索結(jié)果轉(zhuǎn)換為純文本文件，并提示用戶打開或者保存；Send to Printer：將檢索結(jié)果直接通過打印機(jī)打??；Send to Clipboard：將檢索結(jié)果發(fā)送到剪貼板，等待進(jìn)行進(jìn)一步的處理；Send to E-mail：將檢索結(jié)果按用戶指定的格式發(fā)送到用戶指定的電子信箱；Send to Order：通過館際互借獲取文

32、獻(xiàn)原文，一般為付費(fèi)服務(wù)，用戶需注冊相關(guān)服務(wù)帳號（Loansome Doc account）并登錄進(jìn)入相關(guān)系統(tǒng)。,保存檢索策略在Details界面，按“URL”鍵，進(jìn)入到包含有該檢索策略的頁面，將該頁面收藏到瀏覽器的收藏夾中；以后要進(jìn)行跟蹤檢索，直接從收藏夾中重新打開該頁面即可。使用“My NCBI”：首先注冊一個(gè)NCBI帳號（免費(fèi)），（１）在History或者Preview/Index界面，點(diǎn)擊需要保存的檢索策略的編號，在Opti

33、ons命令菜單中選擇“Save in My NCBI”，即出現(xiàn)保存檢索策略(Save Search)窗口(見下圖)；（２）點(diǎn)擊檢索框右側(cè)出現(xiàn)“Save Search”鏈接 系統(tǒng)將提示為該檢索策略命名，并詢問是否愿意通過電子郵件接收與該檢索策略有關(guān)的新文獻(xiàn)（Would you like to receive e-mail updates of new search results?）。以后要進(jìn)行跟蹤檢索，可登陸“My NCBI”直接點(diǎn)