1、心血管疾病一直都是威脅全人類健康的復(fù)雜疾病,而心肌病在心血管疾病的發(fā)病中占據(jù)了重要的位置,并且有著逐年上升的趨勢(shì)。心肌病又分為繼發(fā)性心肌病與原發(fā)性心肌病,繼發(fā)性心肌病的病因多數(shù)已經(jīng)清楚,而原發(fā)性心肌病的病因迄今為止尚未明確。本文所研究的擴(kuò)張型心肌?。―ilated cardiomyopathy,DCM)和限制型心肌?。≧estrictive cardiomyopathy,RCM)都屬于原發(fā)性心肌病。其中,DCM的發(fā)病率占心肌病的發(fā)病率8
2、0%以上,并且心肌病患者中有58.3%死于該病。RCM發(fā)病率雖然僅占心肌病發(fā)病率的4.5%,然而它是原發(fā)性心肌病中最嚴(yán)重的一種類型,并且其預(yù)后性很差。因此,對(duì)于這兩類心肌疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制的研究工作刻不容緩。
轉(zhuǎn)錄組作為連接基因組遺傳信息與蛋白質(zhì)組生物功能的紐帶,相比于基因組,它更具備時(shí)間性和空間性,因此被廣泛地應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、病理學(xué)和藥學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域。隨著二代測(cè)序技術(shù)成本的降低,使得轉(zhuǎn)錄組測(cè)序被大規(guī)模地應(yīng)用于生物學(xué)與醫(yī)學(xué)研究中。本文
3、通過對(duì)DCM和RCM的RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘,旨在對(duì)這兩類原發(fā)性心肌疾病的發(fā)生發(fā)展機(jī)制進(jìn)行研究和探索,為兩類心肌病的精確診斷、及時(shí)控制以及治療預(yù)后等提供一些新思路。
本文的主要研究?jī)?nèi)容如下:
?。?)采用標(biāo)準(zhǔn)化的RNA-Seq數(shù)據(jù)處理方法,包括質(zhì)量控制(FastQC)、參考序列比對(duì)(Tophat)、計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換(HTSeq)、歸一化(EDASeq)和差異表達(dá)(DESeq),篩選和識(shí)別出分別與DCM、RCM相關(guān)的差
4、異表達(dá)基因。對(duì)于DCM,篩選出451個(gè)相關(guān)的差異表達(dá)基因;對(duì)于RCM,篩選出1326個(gè)相關(guān)的差異表達(dá)基因。
(2)分別用DCM和RCM相關(guān)的差異表達(dá)基因構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。通過對(duì)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)作網(wǎng)絡(luò)特征分析,找出與疾病相關(guān)的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)基因,即疾病可能的基因標(biāo)志物。對(duì)每種疾病的基因標(biāo)志物進(jìn)行生物功能分析,并對(duì)其在疾病發(fā)生發(fā)展中的作用進(jìn)行闡釋。
?。?)從生物功能和信號(hào)通路的角度,對(duì)DCM和RCM的基因標(biāo)志物進(jìn)行比較,為從分子層面上