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文檔簡介
1、目的:研究異時性肝轉(zhuǎn)移(Heterochrony Hepatic Metastasis,HHM)組與無肝轉(zhuǎn)移(Non-Metastasis,NM)組直腸癌原發(fā)腫瘤組織的轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異,鑒定與直腸癌異時性肝轉(zhuǎn)移發(fā)生相關(guān)的預(yù)警基因。
方法:分別選取異時性肝轉(zhuǎn)移和無肝轉(zhuǎn)移直腸癌患者6例,共12例,其中10例(HHM組5例和NM組5例)用于測序分析,2例(HHM患者1例,NM患者1例)用于定量驗證。采用RNA-seq技術(shù),分別檢測兩組直
2、腸癌原發(fā)腫瘤組織的全轉(zhuǎn)錄組表達水平,利用泊松分布數(shù)理統(tǒng)計模型篩選兩組患者中具有統(tǒng)計學(xué)意義的差異表達基因(Differentially Expressed Genes,DEGs);然后應(yīng)用生物信息學(xué)方法(GO分析和K EGG通路富集分析),進一步篩選出具有生物學(xué)意義的DEGs;最后應(yīng)用qRT-PCR對測序結(jié)果進行驗證分析,最終確定與直腸癌異時性肝轉(zhuǎn)移可能相關(guān)的預(yù)警基因。
結(jié)果:在測序患者腫瘤組織中,RNA-seq共篩選出直腸癌異
3、時性肝轉(zhuǎn)移相關(guān)候選基因93個,其中上調(diào)基因26個,下調(diào)基因67個;生物信息學(xué)分析提示,EMT或EMT相關(guān)分子事件,細胞遷移、移動和定位等生物進程可能與直腸癌肝轉(zhuǎn)移的發(fā)生相關(guān);細胞吞噬體(Phagosome)和黏著斑(Focal adhesion)介導(dǎo)的信號通路以及TGF-β信號通路的改變可能是接到直腸癌肝轉(zhuǎn)移的細胞網(wǎng)絡(luò)互作事件;結(jié)合RNA-seq、GO和KEGG分析顯示,SPP1、PDGFB、FSTL3、MME、MMP3、VANGL2、
4、CTNNA2、SMOC1、LEFTY1、SMAD9、REG1A、REG3A、REG1B可能是直腸癌異時性肝轉(zhuǎn)移最具代表性的預(yù)警基因,其中RE G基因家族在HHM組和N M組直腸癌原發(fā)腫瘤組織中的表達水平差異最明顯(p值分別為REG1A:3.08×10-5;REG1B:0.00322;REG3A:0.0127),REG1A、REG1B、REG3A在肝轉(zhuǎn)移直腸癌原發(fā)灶腫瘤組織中幾乎不表達。
結(jié)論:直腸癌原發(fā)灶腫瘤組織中REG基因家
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