基于RNA-seq的絨山羊皮膚行囊轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝和分析.pdf

1、絨山羊絨毛生長發(fā)育模式非常復(fù)雜，受基因和環(huán)境共同調(diào)控。生長因子及其受體作為體內(nèi)分泌協(xié)調(diào)基因和環(huán)境的重要環(huán)節(jié)，對絨毛的生長調(diào)控起著極其重要的作用，多種因子共同構(gòu)成了毛囊發(fā)育和周期性生長的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)，目前還無法明確其中具有關(guān)鍵性的作用的網(wǎng)絡(luò)和網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵因子。隨著大規(guī)模測序技術(shù)特別是轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的發(fā)展，使得批量獲得大量數(shù)據(jù)成為可能，特別是目前在已經(jīng)擁有山羊基因組參考序列的情況下，我們可以把轉(zhuǎn)錄本映射回基因組，確定轉(zhuǎn)錄本位置、剪切情況等較為全

2、面的遺傳信息，本研究以6只來自于內(nèi)蒙古白絨山羊阿爾巴斯型個體RNA-seq測序數(shù)據(jù)為研究對象，通過生物信息學(xué)方法對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行了分析，得到以下主要結(jié)論:
　　1、質(zhì)控檢測結(jié)果表明前續(xù)試驗所測得6個樣本轉(zhuǎn)錄組序列結(jié)果均合格，可用于后續(xù)生物信息學(xué)分析，篩選共得到617個在初級毛囊和次級毛囊中差異表達的基因，其中，上調(diào)表達基因297個，下調(diào)表達基因320個。
　　2、GO分析表明上調(diào)表達基因主要行使:電子傳遞鏈、呼吸鏈電子傳遞、

3、線粒體電子傳遞、基因表達、RNA代謝、小分子代謝過程、T細胞分化、翻譯、mRNA剪切、細胞運輸?shù)壬飳W(xué)功能;下調(diào)表達基因主要行使:細胞自我吞噬、蛋白質(zhì)復(fù)性、中性粒細胞聚集、細菌防御反應(yīng)、真菌防御反應(yīng)、中性粒細胞趨化性、精氨酸分解代謝過程、自噬泡組件裝配、炎癥反應(yīng)過程中白細胞遷移、肥大細胞活化等生物學(xué)功能。
　　3、KEGG分析表明上調(diào)基因主要參與:帕金森氏病、底物磷酸化、亨廷頓舞蹈病、阿爾茨海默病、剪切、代謝途徑、半胱氨酸和蛋氨酸

4、代謝、嘧啶代謝、減數(shù)分裂、心肌收縮等信號通路;下調(diào)基因主要參與:亨廷頓舞蹈病、帕金森氏病、底物磷酸化、阿爾茨海默病、剪切、趨化性細胞因子信號通路、醚脂類代謝、泛素介導(dǎo)的蛋白水解作用、VEGF信號通路、不飽和脂肪酸的生物合成等信號通路。4、共表達能力最強的10個基因分別為:PAIP2、Cllorf10、NDUFC1、goat_GLEAN_10009932、goat_GLEAN_10009933、goat_GLEAN_10009934、TN