鯪原種群體的遺傳多樣性評價.pdf

1、鯪(Cirrhinusmolitorella)，俗稱土鯪、鯪公，屬鯉形目(Cypriniformes)、鯉科(Cyprinidae)、野鯪亞科(Labeoninae)，是我國南方特有種，兩廣地區(qū)四大家魚(鳙、草、鰱、鯪)之一。近年來，過度捕撈、增殖放流和人工培育苗種的逃逸不可避免地影響了鯪的種質。搜集保存鯪野生原種并對其種質特征與遺傳背景進行分析是對其進行種質保護的重要措施。廣東省鯪魚原種場從西江流域肇慶江段采集并保存了一批鯪野生原種，

2、飼養(yǎng)中發(fā)現(xiàn)該批鯪原種存在體色及生長速率差異。為了解該鯪原種群體的遺傳多樣性水平，評價其作為原種的遺傳性能，我們在觀察其外部形態(tài)特征、測量其生長特性的基礎上，對其進行了RAPD分析、AFLP分析、SSR分析及線粒體D-loop區(qū)序列測定分析，從核基因組分子標記層面和母系遺傳層面綜合考察了該批原種的遺傳背景，為西江流域肇慶江段鯪的種質資源保護提供了基礎性資料，將為鯪原種種質的利用提供依據(jù)。具體研究成果如下： 1.鯪原種群體的RAPD

3、分析從鯪原種2個子群體(h、q)中各取24個個體共48個個體進行RAPD分析。20條隨機引物擴增共獲得了179條清晰穩(wěn)定的條帶，其中多態(tài)性條帶82條，多態(tài)位點百分比為45.8％，子群體h與子群體q的多態(tài)位點數(shù)分別為77和66，多態(tài)位點百分比分別為43.02％和36.87％；原種群體內遺傳距離為0.1232，遺傳多樣性指數(shù)為0.1281，子群體h與子群體q的遺傳距離分別為0.1151、0.1010，遺傳多樣性指數(shù)分別為0.1248、0.1

4、164。該結果表明子群體h的遺傳多樣性水平高于子群體q。 2.鯪原種群體與養(yǎng)殖群體的AFLP分析從鯪原種2個子群體(h、q)中各取29個個體，從3個不同區(qū)域的養(yǎng)殖鯪群體中共取32個個體(子群體zs、py、zq)，進行AFLP分析。從25對AFLP引物組合中選取6對擴增條帶豐富、帶型清晰、有差異性條帶的AFLP引物用于進一步分析。6對引物共產(chǎn)生173條擴增條帶，其中多態(tài)位點數(shù)為74，多態(tài)位點百分比為42.5％。子群體q、h、zs、

5、py、zq的多態(tài)位點數(shù)分別為61、70、48、35、48，多態(tài)性位點百分比分別為35.11％、40.43％、27.66％、20.21％、27.66％。在擴增條帶中，有一條在子群體h中的出現(xiàn)頻率遠遠高于其在子群體q中的出現(xiàn)頻率(72.4％＞20.6％)，編號為E2M4-1。遺傳多樣性分析結果表明，鯪原種群體遺傳多樣性指數(shù)高于養(yǎng)殖群體(0.1254＞0.1101)：子群體h的遺傳多樣性指數(shù)高于子群體q(0.1367＞0.0998)。

6、 3.鯪原種群體的SSR分析利用4種鯉科魚類的14對微衛(wèi)星引物對鯪基因組DNA進行PCR擴增，對擴增片段的克隆測序發(fā)現(xiàn)引物MFW1、MFW2、MFW15、MFW17、Cc7、Cci1、Bgon22擴增出的產(chǎn)物含有微衛(wèi)星序列。進一步對鯪的微衛(wèi)星位點MFW1、MFW2、Cc7重新設計引物，將其分別命名為Cm1、Cm2、Cm3，新引物對鯪的擴增特異性增強。采用引物Cm1、Cm2、Cm3、Cc11、MFW15、MFW17、Bgon22對鯪原種群

7、體59個個體進行遺傳多樣性分析。結果表明，引物MFW15、Cc11無多態(tài)性，引物Cm1、Cm2、Cm3、MFW17、Bgon22在取樣群體中擴增圖譜帶型豐富，隨引物不同，各標記在群體中檢測到的等位基因數(shù)為2-16個。各微衛(wèi)星座位的期望雜合度(He)與觀察雜合度(Ho)范圍分別為0-0.9038和0-1，平均值分別為0.6881(0.1819sd)和0.7772(0.1931sd)。座位連鎖分析顯示Cm1與Bgon22之間存在顯著性水平連

8、鎖關系(P＜0.05)。子群體h的觀察雜合度為0.7905，子群體q的觀察雜合度為0.7635，子群體h的遺傳多樣性略高于子群體q。 4.鯪原種群體的D-loop序列分析設計了一對可從鯪總DNA中擴增出D-loop片段的引物，獲得了937bp的鯪D-loop全序列。應用該對引物對鯪原種群體(h11個樣本，q10個樣本)進行擴增，測序獲得了5'端750bp的有效序列。21個個體共檢測到15種單倍型，29個變異位點(4％)。遺傳多樣