序列分析平臺的建立：模擬PCR及快速進化樹重建.pdf

1、聚合鏈式反應PCR是一個常見的,應用非常廣泛的分子生物學實驗技術(shù),在選取合適的PCR引物的引物設計過程中,進行引物的唯一性檢驗具有一定意義.在該文的研究工作中,采用了快速的啟發(fā)式搜索、同源性搜索等生物信息學算法,建立了一個基于公共數(shù)掘庫或者特定模板的快速模擬PCR過程的系統(tǒng).用戶提交引物序列,該系統(tǒng)就會模擬PCR的過程,給出一個可能的產(chǎn)物列表以及一個模擬的瓊脂糖電泳圖.采用該系統(tǒng),測試了一個設計用于從人類cDNA文庫中調(diào)取IPL基因的一

2、對引物,測試結(jié)果和實驗結(jié)果具有一致性.測試結(jié)果還顯示了該系統(tǒng)可以高效的分析引物對之間的交叉反應.該系統(tǒng)在引物設計中輔助優(yōu)化引物使得PCR獲得更好的實驗結(jié)果具有一定的意義.該系統(tǒng)可以穩(wěn)定的運行在Linux或者Wiodows操作系統(tǒng)下,可以通過http://sls.zsu.edu.cn/PCR_simu/獲得該系統(tǒng)的WWW服務.傳統(tǒng)的基于分子序列的系統(tǒng)發(fā)育樹重建需要進行一個較為耗時的多序列比對的過程,這使得基于分子序列的進化樹重建分析局限于

3、少數(shù)、具有特征新的短序列范圍內(nèi).在該文的研究工作中,構(gòu)建了一個快速的、突破多序列對齊過程的基于分子序列的系統(tǒng)發(fā)育樹重建系統(tǒng),并在此基礎(chǔ)上構(gòu)建了一個交互的、采用長序列或者基因組序列進行系統(tǒng)發(fā)育樹重建的系統(tǒng)平臺.采用該系統(tǒng),以23種桿狀病毒的全基因組序列為對象,快速的重建了系統(tǒng)發(fā)育樹(約2.5分鐘).該系統(tǒng)發(fā)育樹的結(jié)果跟以前采用傳統(tǒng)的研究方法所獲取的結(jié)果具有高度的一致性.以該系統(tǒng)為平臺,從25種真核生物的線粒體全基因組序列為對象,快速重建了