序列分析平臺(tái)的建立：模擬PCR及快速進(jìn)化樹重建.pdf

1、聚合鏈?zhǔn)椒磻?yīng)PCR是一個(gè)常見的,應(yīng)用非常廣泛的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù),在選取合適的PCR引物的引物設(shè)計(jì)過(guò)程中,進(jìn)行引物的唯一性檢驗(yàn)具有一定意義.在該文的研究工作中,采用了快速的啟發(fā)式搜索、同源性搜索等生物信息學(xué)算法,建立了一個(gè)基于公共數(shù)掘庫(kù)或者特定模板的快速模擬PCR過(guò)程的系統(tǒng).用戶提交引物序列,該系統(tǒng)就會(huì)模擬PCR的過(guò)程,給出一個(gè)可能的產(chǎn)物列表以及一個(gè)模擬的瓊脂糖電泳圖.采用該系統(tǒng),測(cè)試了一個(gè)設(shè)計(jì)用于從人類cDNA文庫(kù)中調(diào)取IPL基因的一

2、對(duì)引物,測(cè)試結(jié)果和實(shí)驗(yàn)結(jié)果具有一致性.測(cè)試結(jié)果還顯示了該系統(tǒng)可以高效的分析引物對(duì)之間的交叉反應(yīng).該系統(tǒng)在引物設(shè)計(jì)中輔助優(yōu)化引物使得PCR獲得更好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果具有一定的意義.該系統(tǒng)可以穩(wěn)定的運(yùn)行在Linux或者Wiodows操作系統(tǒng)下,可以通過(guò)http://sls.zsu.edu.cn/PCR_simu/獲得該系統(tǒng)的WWW服務(wù).傳統(tǒng)的基于分子序列的系統(tǒng)發(fā)育樹重建需要進(jìn)行一個(gè)較為耗時(shí)的多序列比對(duì)的過(guò)程,這使得基于分子序列的進(jìn)化樹重建分析局限于

3、少數(shù)、具有特征新的短序列范圍內(nèi).在該文的研究工作中,構(gòu)建了一個(gè)快速的、突破多序列對(duì)齊過(guò)程的基于分子序列的系統(tǒng)發(fā)育樹重建系統(tǒng),并在此基礎(chǔ)上構(gòu)建了一個(gè)交互的、采用長(zhǎng)序列或者基因組序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹重建的系統(tǒng)平臺(tái).采用該系統(tǒng),以23種桿狀病毒的全基因組序列為對(duì)象,快速的重建了系統(tǒng)發(fā)育樹(約2.5分鐘).該系統(tǒng)發(fā)育樹的結(jié)果跟以前采用傳統(tǒng)的研究方法所獲取的結(jié)果具有高度的一致性.以該系統(tǒng)為平臺(tái),從25種真核生物的線粒體全基因組序列為對(duì)象,快速重建了